审查员对专利申请案作出实质审查之后，对发明是否符合专利法及细则的要求作出报告。专利注册处将报告寄予申请人，并限期答复。如申请人未能在规定的时间内修改其申请案中的不符规定处，或是未能作出令专利注册处处长满意的解释，则专利注册处处长将拒绝该申请。
申请人如对审查员的审查结论不服，可以要求与审查员会晤面谈。如不能达成一致意见，申请人可以要求专利注册处对该申请案进行复审听讯。根据申请人的申请，专利注册处将指定一名高级审查员作为主持人，听取审查员和申请人的申述，并以专利注册处处长的名义作出裁决。
如申请人对注册处处长的裁决不服，可以到专利法庭对此进行起诉。
如专利申请符合所有的法定要求，或申请人对专利申请作出令专利注册处满意的修改，或该申请没有引起公众异议，或异议的理由被专利注册处判定不能成立，专利申请就通过了实质审查。专利注册处处长将通知专利申请人，并要求其在规定时间内缴纳专利颁发费。
申请人按期缴纳专利颁发费后，专利注册处处长即向专利权人颁发专利证书，在专利公报上公布授予专利的决定，出版发明说明书、摘要及其他有关资料，并将专利登记在专利注册簿上。
从专利的首次申请日起算，如果一项专利申请顺利的话，到专利注册处批准该专利之日，最短的时间为18个月。但一般来说，一整套专利批审的流程耗时在三年至四年半之间。