种蛋的消毒方法有多种，最常见是用福尔马林熏蒸消毒，还有用氯、新洁尔灭、高锰酸钾、碘液、氯胺、过氧乙酸消毒等。
福尔马林是40%(按重量是37%)的甲醛水溶液，无色，有刺激性和挥发性，杀菌能力强，对所有微生物都能达到杀灭的目的。要使甲醛从福尔马林液中释放出来需要能量，最好是通过高锰酸钾混入福尔马林液中来提供，应先把高锰酸钾放入器皿中，后倒入福尔马林，不要将高锰酸钾倒入福尔马林中，这样会马上引起剧烈反应。通常用福尔马林熏蒸消毒时用1×或2×、3×、5×等来表示消毒时浓度，1×的浓度定义是在1立方米空间用14毫升福尔马林和7克高锰酸钾。对种蛋的消毒多用2×或3×浓度，即每立方米空间用福尔马林28～42毫升，高锰酸钾14～21克。对刚产下种蛋采用3×浓度消毒，对孵化器中种蛋(仅限于入孵第一天使用)用2×浓度消毒，熏蒸时间都为20分钟。在操作中为节省用药量，可用塑料布罩上蛋盘架进行消毒以减少空间。