首先，关贸总协定的许多规则不很严密，有些规则缺乏法律约束力，同时还缺乏必要的检查和监督手段。其次，在解决国际贸易纠纷方面，关贸总协定的主要手段是协商，最后只是缔约方的联合行动，至今仍没有具法律约束力的强制手段。这也是许多重大国际贸易争端无法真正解决的重要原因。再次，关贸总协定中还存在着“灰色区域”，基本规则的例外也过多。在实际的国际贸易活动中，一些缔约方往往采取“灰色区域”措施通过双边安排来限制某些产品的出口贸易。所谓“灰色区域措施”指的是成员国为绕开总协定第十九条的保障条款而采取的一些歧视性贸易政策措施，如“自动出口限制”、“有秩序的销售安排”等等。同时由于关贸总协定规则的过多例外，致使许多原则不能得到很好的适用。最后，关贸总协定被某些大国政策左右的局面长期未能得到根本改变。另外，近年来关贸总协定还受到区域经济集团化的挑战。区域经济集团对外的排它性是不可避免的，故而这一趋势必将削弱关贸总协定基本原则的实施。