病料中可能混有几种霉形体，如牛呼吸道可能有4种，初次分离的霉形体也可能是混杂的，其纯化方法如下。
1．单菌落移植法 挑不同形态菌落放在0．5ml液体培养基混匀，分别作原液5倍、25倍稀释接种0．3ml于固体培养基上，将形成的单菌落反复移植3次。
2．终点稀释法 在琼脂上不能形成菌落，而在液体中生长的霉形体宜用本法纯化。其方法为用含酚红的液体培养基将标本作10-1～10-10稀释，每个稀释度调换吸管；再用微量移液器加至塑料培养板的孔中，每一稀释度加横向一行(10个孔)，每孔加0．2ml，然后换吸管，再依次加第二个稀释度；将10个稀释度都加好后，空一行，再加一行未经接种的液体培养基作为对照；用涤纶胶带封口，置37℃中培养7～14天，每天用肉眼观察一次。两天再无新的变色孔出现，从稀释度最高的变色孔中，抽取培养液，再如上法稀释接种，共做3次(10-1的可不做)。
3．滤过法 单个霉形体菌落中可能混有不同的血清型或种，需纯化时可用本法，即肉汤培养物在轻微压力下通过220～450nm不同孔径的微孔滤膜，将滤液用10-1至10-7稀释分别接种于琼脂平皿上，所产生的单菌落一般代表一个单细胞的后代，选定适当孔径和最高稀释能产生单个菌落的稀释度重复3次培养，可获得单一的血清型。