（三）污染源

水体的水质污染源有点污染源和面污染源两方面。
1. 点污染源。工业废水和城市污水造成的污染。集中于城市附近。据环保部门1991年统计，全疆工业污染源有73家企业，年排废水量为2.80亿吨，废水处理量为0. 48亿吨，处理达标率为53.1%。这些企业主要分布在昌吉、乌鲁木齐、克拉玛依、阿勒泰、巴音郭楞、哈密、吐鲁番等地州。废水排放量也是昌吉州居第一位，其次是乌鲁木齐市、喀什地区和石河子市。由于90%以上的废水未经处理或虽经处理仍未达到允许排放标准，就直接排入地表水体或渗入地下，因此，在局部地区对地表水和地下水都造成了不同程度的污染。如乌鲁木齐市水磨河，受工业污染严重，全河水质均超过地表水环境质量五类标准，作为灌溉用水，个别指标已超标，不宜直接引用。石河子市的蘑菇湖水库受工业废水污染，有机物含量大，已属中等污染水体。乌鲁木齐市的地下水也已遭到了污染。污染地区主要有水磨沟区、西山区、仓房沟下游、大湾乡至建工医院、南梁坡至老满城以及东戈壁地带。主要超标项目是总硬度、硫酸盐、氯化物。这些地带地下水有机物污染也达到中等程度。
2. 面污染源。广大农田施用农药、化肥及盐碱地排水造成水质污染。全疆农田盐碱水排量，每年约40亿立方米，其中少数排入沙漠、荒地，多数排入河流湖泊，造成污染。如博斯腾湖，1958年湖水矿化度低于0. 4克/升，到1981年，上升为1.08克/升，1982年西泵站建成运行后，湖水矿化度趋于稳定，略有下降。据巴音郭楞州水文水资源勘测大队和州水利局测算，焉耆盆地1955—1988年年均进入博斯腾湖的农田排水为1. 13亿立方米，入湖盐量为26万吨，其中1983—1988年农田排水入湖量年均1. 94亿立方米，入湖盐量38. 8万吨。又如塔里木河、克孜河下游河水受农田排水的影响，河水含盐量高达1. 5～2. 5克/升。
新疆少数河流存在自然原因引起的水质中微量元素过多或过少，造成一些地方性疾病。如有的河流含氟量过高，造成当地居民氟骨病、氟斑牙或氟中毒；有的河流含氟量过低造成龋齿病。克孜河下游伽师县境内河水矿化度高，硫酸盐、氯化物、钙镁含量超过饮用水标准，地下水含砷量也超标，当地流行多种地方性疾病。在人民政府的关怀下，通过改水防病，净化水源，改善饮用水，地方病已基本得到控制和防治。