干制过程中，食品及其所污染的微生物均同时脱水，干制后，微生物就长期地处于休眠状态，环境条件一旦适宜，又会重新吸湿恢复活动。因此，干制品并非无菌，遇温暖潮湿气候，就会腐败变质。
若干制品污染有病原菌时，因它们能忍受不良环境，就有对人体健康构成威胁的可能。为此，对一般肠道杆菌和食品中毒菌应特别注意控制。基于同样的情况，食品中若有导致人体疾病的寄生虫如猪肉旋毛虫存在时，就应在干制前设法将它杀灭。
虽然微生物能忍受干制品中的不良环境，但是在干制品干藏过程中微生物总数仍然会稳步地缓慢下降。干制品复水后，只有残留微生物仍能复苏并再次生长。
微生物的耐旱力常随菌种及其不同生长期而异。例如：葡萄球菌、肠道杆菌、结核杆菌等在干燥状态下能保存活力几周到几个月，乳酸菌能保存活力几个月或一年以上；干酵母保存活力可达到两年之久；干燥状态的细菌芽孢、菌核、厚膜孢子、分生孢子可存活一年以上。黑曲霉菌孢子可存活达6～10年以上。