布隆迪重视水污染控制立法。国家民事法典中作出禁止水污染问题规定。未得到有关部门许可，禁止排泄污染废水。有关部门可在任何时候取消排污许可证。有关部门在颁发排污许可证之前，须先征求国家水资源委员会的意见。布隆迪政府颁布《卫生条例》中规定，每一个人都必须维护其住房及其住房周围土地清洁，避免积水。凡有可能在房屋四周15米范围内的土地上造成积水的灌木杂草、垃圾等杂物均应予以清除。居民区排出的污水应加以控制和处理。政府在城市市区公共卫生条例附录中，对于有害于公共卫生的积水规定了严格标准。为保护人民健康，政府对矿泉水水质保护作出规定。政府还规定，对于建设有危害健康和危险性的建筑工程、工厂等，必须取得水资源主管部门许可后方可兴建，必要时，应接受公众质询。根据布隆迪法律规定，凡必须取得排污许可证而未取得许可的，可罚款2000比利时法郎或关押7天至2个月；凡违反在私人住宅或土地周围不得有积水的法令规定者，可罚款2000比利时法郎或关押2个月。