微生物饲料中所用的微生物一般多指酵母、细菌，真菌、微型藻以及部分原生动物。
用微生物或工程菌生产的动物所需营养物质、称为微生物饲料。营养物质中包括微生物菌体——单细胞蛋白(简称SCP)，微生物代谢产物，氨基酸、维生素、酶、有机酸、生物活性物质等，微生物机能所分解、还原转化、综合的物质，例如糖化酶分解淀粉与麦芽糖，明显提高鱼对淀粉的消化率。
微生物饲料具有突出的优点：一是菌体繁殖快(比较各种细胞倍增时间：细菌、酵母20－120分钟，霉菌绿藻类2－6小时，草及某些植物1－2周，鸡2－4周，猪4－6周)；二是菌体蛋白含量高、生物价高(一吨单细胞蛋白可节省5吨饲料量)；三是小面积大批量生产(一个万吨单细胞蛋白工厂占地几百亩，而万吨产量大豆的种植面积要几十万亩)；四是生产不受气候影响；五是原料广泛，资源充足。