（一）新疆建省前后的基层政权

清朝政府统一新疆后，基本上沿用各民族传统的基层组织形式，掌管新疆各地的基层社会事务。
1. 伯克制。伯克，突厥语音译，意为长或首领。维吾尔族聚居地区的最高首领为阿奇木伯克，副职为伊沙噶伯克，以下分设噶匝纳齐伯克——掌管地亩粮赋；哈孜伯克——掌管司法；密喇布伯克——掌管水利；帕察沙布伯克——掌管治安； 布勒春雅喇克伯克——掌管商贸；茂特色布伯克——掌管宗教；负责基层事务的为明伯克，管辖1 000户以上； 其次为玉兹伯克，管辖100户以上； 再次为鄂尔沁伯克，管辖10户以上。为维护维吾尔族聚居地区的社会稳定和政令畅通，清政府明令宗教不得干预政务，并于公元1759年废止了伯克的世袭制，同时，把各级伯克改为由清政府任命的地方官员。伯克分三品至七品不等，都拥有清政府封赐的土地和佃役。
2. 部落制。清乾隆十二年 (1755年)后，长期游牧于巴尔喀什湖以东的哈萨克部落乌勒玉兹、奥尔塔玉兹和克什玉兹先后臣服于清朝。1757年，乾隆皇帝接受哈萨克的臣表并颁发册封敕谕。哈萨克族仍承袭原有的部落制，其社会组织结构分为七层：
❶阿吾勒，是哈萨克最基本的社会组织单元，一般由血缘关系密切的十几户牧民组成，其头领为 “阿吾勒巴斯”；
❷阿塔，是由七辈以下的几个阿吾勒组成，其头领为“阿克萨卡力”；
❸乌露，即氏族，由13～15个阿塔组成，其头领为“乌露巴斯”，
❹阿洛斯，即有血缘关系的部落，由几个乌露组成，其头领为 “比”；
❺兀鲁思，由几个部落组成，其头领为 “苏丹”；
❻玉兹，由若干兀鲁思组成，其头领为 “小汗”；
❼汗国，为哈萨克最高层组织，其首领为 “可汗”。
3. 札萨克制。札萨克，蒙古语音译，执政之意。蒙古族聚居地区分设为若干旗，每旗的旗长统称为札萨克，由蒙古王公、贝勒、贝子、公、台吉等贵族担任，负责掌管一旗的军事、行政和司法。札萨克下设助理台吉2～4人，官职有管旗章京、副章京、参领、佐领和骁骑校等。旗之下设苏木为基层组织。每苏木由150—300名箭丁组成，各旗所辖苏木数量不等。苏木的头目为 “佐领”。哈密回部的佐领亦称“都尔尕”，其苏木所在地俗称为 “堡”。
4. 牛录制。牛录为满语，是生产和军事集合体之意。早在公元1607年，牛录即为满、锡伯、达斡尔等民族的社会基层组织形式。清统一新疆前后，为巩固和加强西北边防，清政府从现今的黑龙江、辽宁、河北、陕西、甘肃等地抽调满、锡伯、达斡尔和蒙古、察哈尔、兀鲁特等部兵丁及其眷属，分族别按八旗制度编制为营，分派至南疆、北疆，沿边境地带驻守边防并从事农牧业生产，每营所辖牛录数目不等，营与营之间按规定相互换防。牛录首领称牛录额真（亦称牛录章京）负责掌管本牛录的户籍、田宅、兵役和诉讼等。清代，新疆共有整建制牛录168个。
5.州县制。对于聚居于北疆、东疆一带的汉族，清政府实行了与内地相同的州县制，县以下设若干乡约。乡约，即在地方官员授意下专司乡村基层事务的人。每县设乡约数目不等，乡约管辖村庄数目亦不相同。乡约由地方官员就地选任，新疆建省前，自绥来（今玛纳斯县）以东，包括昌吉、迪化（今乌鲁木齐）、阜康、古城（今奇台）、镇西（今巴里坤）等地，均归甘肃布政司统辖。
光绪十年(1884年)清政府批准新疆建省，省府设于迪化（今乌鲁木齐）。全疆普遍实行新县制，县以下设乡约，作为基层政权。
在维吾尔族聚居的南疆农村，乡约之下又分设玉兹巴什(掌管100户左右)和温巴什(掌管10户以上)，但由于伯克制的影响久远，维吾尔族群众仍把乡约称之为“伯克”。
建省后，新疆境内的哈萨克各部由传统的部落制改行千户长（亦称乌库尔台）制，以千户、百户为基层组织，一般一个千户长辖10个百户长，年贴银60两。民国之初，根据国民政府颁布的《蒙古优待条例》，新疆省对境内的哈萨克族亦实行优待政策，准其各部仍实行千户长制，并从牧民中征收牲畜为其薪俸。
建省之初，新疆境内的蒙古族各部继续保持札萨克制，基层组织仍为苏木。民国元年(1912年)，中央政府颁布《蒙古优待条例》，规定内外蒙古的汗、王、公、贝勒、台吉等贵族的封建领地不变，世袭制度不变，原有的特权不变。新疆省按照国民政府的规定，保留了蒙古族聚居地区原有的政权建制和上层头人的特权。
驻守在沿边境一带的锡伯营、新（旧）满营，在新疆建省后虽历经裁并，仍维持其原有建制，其基层组织仍为牛录。
民国初年，在伊犁、特克斯、博尔塔拉、额敏等地驻防的兀鲁特营、察哈尔营、新（旧）满营、锡伯营、索伦营等均不再列为军队编制而专司屯垦和游牧，但其基层组织仍以苏木、牛录为单位。驻守在古城（今奇台）的满营于民国4年(1915年)解散，其兵丁、眷属、居民皆列入地方行政管理。
建省后，许多关内汉、回民众“携眷来新就食，承垦、佣工、经商”。为恢复和发展北疆一带的农村经济，清政府仿照汉唐以来的做法，建立“民屯”，以接纳从内地流入新疆的农民立屯务农，俗称“移民实边”。每屯设屯长一名，负责掌管屯户事务，后因地主、官僚租税苛刻，部分屯民不堪忍受而弃地远徙，另谋生计。民国建立之后，民屯制解体。