1539年

汪机卒。汪机为医学家，一生行医，临床经验丰富，对内外、针灸、痘诊等有一定见解。著有多本医书，其中以《石山医案》为其代表作。其医学观点、临床经验方法对后世颇具影响。

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1539年

2月，清开黄河支流以减水患。

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1539年

建北京天坛皇穹宇，呈圆形。
王献主持动工开凿胶莱运河之马家壕工程。3个月开出长14里、宽20余米、深10米之人工航道，由是江淮之舟达于胶莱。次年又引张河、白河、现河、玉龙河诸水，以增胶莱之水势。

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1539年

世宗南巡安陆。圣章太后卒，此后世宗不亲朝政。
2月，立皇子载壑为皇太子，封载垕为裕王，载圳为景王。

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1539年

甲斐[日]在骏河发现金矿，用灰吹法采金。
德·索托[西]探索美国南方，到达北美佛罗里达。

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1539年

英格兰国王亨利八世令议会通过“六项条款法案”规定教义中之六项原则，包括圣餐变体、僧侣独身等。有否认其中之一者，即视同异端。
葡萄牙在印度西海岸之果阿设立主教区，广布基督教。
瑞典进行宗教改革，国王为教会首脑。

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1539年

卡尔达诺（又称卡当或卡尔丹）[意]出版两本通俗算术书，其中最重要的是《算术实践与个体测量》。是他历年教学经验的总结。

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1539年

南比哈尔阿富汗酋长舍尔汗击败莫卧儿皇帝胡马雍，胡马雍外逃。舍尔汗据德里，建新城。苏尔王朝开始。
尼德兰根特市民因不堪重税压迫，起而暴动，脱离神圣罗马帝国统治，企图投归法国。法王法兰西斯一世不但拒绝，且于次年邀请查理五世通过法国国境派兵镇压，使起义迅趋失败。