男性外生殖器包括阴茎、阴囊和阴囊内容物。公众媒体已经强化了年轻人对睾丸肿胀的可能危险的认识。虽然大多数阴囊内部肿胀可以通过单纯的临床查体就可以确定为良性病变，但是有时也需要进行特殊的检查。最常见的阴茎疾病是包皮过长(包皮口狭窄)，其通常是由于感染引起，而又能加重感染，并导致排泄时疼痛。大面积的皮肤疾病会影响到阴茎，包括鳞癌(见下)。
影响男性生殖器的疾病
无痛性阴囊肿胀
●阴囊积水
●附睾囊肿
●腹股沟斜疝
●阴囊皮肤损伤
●先天性阴囊水肿(男孩)
●睾丸肿瘤
阴囊疼痛
●睾丸扭转
●睾丸附属物扭转
●附睾炎(限局性或泛发性)
●睾丸炎，附睾－睾丸炎
●创伤
包皮疾病
●包皮过长
●包皮粘连(9岁之前正常)
●包茎
●阴茎头炎
●性传播性疣、疱疹、下疳
●其他皮肤损伤
●鳞癌
其他阴茎疾病
●尿道下裂(小的或大的)
●Peyronie’s病
●尿道分泌物增多(淋病，NSH)