代理国库业务应设置“中央预算收入”、“中央预算支出”、“待结算财政款项”、“中央经费限额支出”、“待报解地方预算收入”、“地方财政存款”、“财政预算外存款”、“经费限额”等科目进行核算。其中“待结算财政款项”科目是各征收处和各专业支行运用的科目，收入时贷记本科目，解交给支库时借记本科目；“中央预算收入”科目是专门核算划归中央的固定收入，增加时贷记本科目，逐级解交时借记本科目；“待报解地方预算收入”是支库、中心支库和分库运用的科目，收入时贷记本科目，按规定留解比例解交给上级库和留归本库时借记本科目；“中央预算支出”是核算实拨资金的科目，根据财政机关的支拨凭证借记本科目；“地方财政存款”科目是核算经分成后留归本级财政的收入科目，增加时贷记本科目；“中央经费限额支出”科目是核算财政部下达的中央级行政事业经费限额支出和总库与财政部的结算款项的科目，支出时借记本科目；“财政预算外存款”是核算不纳入国家预算的各项资金的科目；“经费限额”是单式记帐科目，收入时记收入方，减少时记付出方。