（一）繁育体系

新中国成立初期尚未设立专门的种子工作机构，当时，种子技术推广和经营业务分别由各级农业和粮食、油脂、商业、供销等部门负责。为加强种子推广、经营和管理，1958年8月自治区将良种推广和种子经营业务合并，成立行政、技术、经营三位一体的各级种子专管机构。自治区农业厅设种子管理处，专 （州）、县 （市）分别设立种子管理站，负责农作物种子的良种繁殖推广、经营管理以及办理从国内外引进良种等工作。到1960年初，全区已设立种子机构72个，共有职工466人，技术干部172人。1965年，根据中央提出的 “调整、巩固、充实、提高”八字方针，撤销各地区（州）种子站，部分县种子站与农技站合并。1974—1975年自治区和地（州）、县种子机构相继恢复。1979年，根据国务院通知，各级种子机构改建成种子公司，逐步向企业化过渡。1987年4月，自治区种子公司更名为自治区种子管理总站，负责种子生产、加工、品种布局、供种，组织良种选育、试验、繁殖、推广，建立良种生产基地以及种子检验、技术培训、办理种子进出疆等项业务等。至1995年，全区区、地 （州）、县 （市）共建立种子公司 （站） 98个，职工2 455人，其中自治区总站90人，地 （州） 公司 （站）305人，县公司 （站）2 060人，已基本形成了种子繁育、推广、生产、经营、管理的完整体系。
另外，自治区为了加强农作物品种的鉴评、审定工作，1977年3月成立了 “新疆农作物品种审定委员会”。下设棉花、蚕桑、蔬菜、果树、瓜类5个品种审定小组，各地 （州）、县 （市）也相继成立了 “农作物品种审查委员会”和“农作物品种审查小组”。1984年，自治区一级审定改为自治区、地（州）两级审定，同时将地 （州） 审查委员会升格为审定委员会。

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（一）繁育体系

1.种畜场。新疆畜牧业良繁体系建设，可以追溯到清乾隆二十五年(1760年)，清朝政府在伊犁、塔尔巴哈台（塔城）、镇西（巴里坤）、乌鲁木齐创办了4个官牧场，以繁殖良种牲畜为主。民国时期几经合并改组和建设，至1949年，新疆有种畜场5个，即伊犁种畜总场、迪化种畜总场、塔城种羊场、库车种羊场、喀什种羊场。
新中国成立后，根据国家建设事业发展的需要，在原5个种畜场的基础上，经过调整改建，成立了巩乃斯种羊场、昭苏种马场、乌鲁木齐种羊场、绥定霍城种羊场、库车种羊场，开展新疆细毛羊、伊犁马、新疆卡拉库尔羊3个优良品种的繁育。1954—1965年，新增喀什种羊场、塔城种牛场、塔城种羊场、温泉种畜场、察布查尔种羊场，以后又把克孜勒苏羊场、福海羊场、巴音郭楞羊场和绥定羊场改为种畜场，到1965年底种畜场共有12个。1967年将阜康羊场、阿勒泰大畜场和拜城羊场改为种畜场。1978年将呼图壁奶牛场改为呼图壁种牛场，于田羊场改为种畜场，巩留牛场改为种牛场。至此，全区种畜场达到18个，其中种羊场10个，种牛场4个，种马场1个，综合性种畜场3个。1984年又将乌鲁木齐种畜场分为乌鲁木齐种羊场和乌鲁木齐种牛场，使全区的种畜场达到19个（不含兵团），其中呼图壁种牛场、巩乃斯种羊场和伊犁种马场被确定为国家级重点种畜场。1995年各种畜场有职工22 926人，其中技术人员252人；有优良种畜45万余头，年生产种畜达19万多头。除牛、马、羊种畜场外，新疆还有18个种猪场，1个祖代鸡场，50多个父母代种鸡场，为全区提供优良猪禽品种。
2.育种站。1976年3月，自治区成立了家畜育种中心，1984年改称为自治区畜禽繁育改良总站，负责组织和指导全区畜禽良种繁育与品种改良工作，1995年底有职工84人，其中高级职称8人，中级职称18人。1978年以来，先后建立地（州）级家畜育种站9个，县（市）级育种站7个。在没有建立家畜育种站的地（州）、县（市），则由畜牧兽医站负责家畜繁育改良等技术推广工作。1995年底，全区畜禽育种机构共有职工3 250人，其中技术人员2 275人。全区861个乡镇都有畜牧兽医站，承担良种推广、品种改良任务。此外还有液氮站9个，负责良种家畜冷冻精液的贮存、推广工作，还有1 400多个大畜配种站，1 700多个小畜配种站，1 400多个流动配种站。

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（一）繁育体系

1960年自治区林业厅设立林木种子站，从此，新疆的林木种子有了专门的工作机构。1962年种子站扩大，成立造林种子处。1963年在乌鲁木齐和喀什各建1座林木种子库。1976年再建林木种子站。1979年8月，自治区林木种子站改为自治区林木种子公司，为自治区林业局下属县级事业单位，定编30人； 并在伊犁、昌吉、阿克苏、喀什、和田5地（州）各设1个林木种子站，每站定编10人。1992年，自治区成立了林木遗传育种专业委员会和林业良种审定委员会。