（一）第一阶段(1950—1965年)

新中国成立初期，全省县以下的农村基层医疗卫生机构，仅有极少数民间中医在农村行医，农民无医无药。内地山区特别是边疆民族地区，鼠疫、霍乱、疟疾、伤寒、天花等传染病猖獗流行。传染病发病率高达4069/10万；农民的健康水平极为低下，人均期望寿命仅35岁，孕产妇死亡率1500/10万，婴儿死亡率高达319‰。1950年3月，云南省军管会接管了全省的医疗卫生单位。全省医药卫生工作人员，在百废待兴的情况下，克服艰难险阻，认真执行中共中央和中央人民政府关于卫生工作要“面向工农兵，预防为主，团结中西医”和“卫生工作与群众运动相结合”的方针，并在中共云南省委关于“发展生产，巩固边疆，加强民族团结”的思想指导下，着重加强了边疆民族地区的医疗卫生工作。许多地方和部队医药卫生工作人员，深入边疆农村和边防哨卡，送医送药，为各族人民和边防部队防病治病，引导各族群众改变不利于健康的陈规陋俗。在加强边疆民族地区卫生工作的同时，内地广大农村的卫生工作也得到发展。在短短的几年内，各县相继建立了医疗卫生机构。在边疆民族地区和内地高寒山区的县以下的区级政权所在地，建立了全民所有制性质的医疗卫生组织；在内地一般地区县以下的区级政权所在地，组建了集体所有制性质的联合诊所。据统计，到1957年，全省所有的县都建立了卫生院（以后改称县人民医院），许多县级政权建立了卫生防疫站和妇幼保健站；区级政权所在地的医疗卫生单位从空白发展到1 151个。在这段时间内，云南广大农村在中央、西南区以及北京、天津、上海等省、市的支持和帮助下，对严重危害云南各族人民健康的地方病，多发病，开展了空前规模的调查和防治活动，并建立了关于鼠疫、疟疾、血吸虫病的防治和科研机构。经过持续不断的工作，多年来危害各族人民的各种疾病的发病率大幅度下降。全省消灭了人间鼠疫，天花、疟疾得到控制；其他多种传染病、寄生虫病的发病率也明显下降。这是云南医疗卫生工作发展迅速、顺利的时期。
1958年开始的“大跃进”和“人民公社化”运动，带动了云南医疗卫生事业的迅猛发展。到1959年，基本达到公社有卫生院，管理区（即后来的生产大队）有卫生所，生产队有“三员” (保健员、接生员、保育员)。农村缺医少药的状况有显著改善。到1965年底，全省卫生机构、病床数、专业卫生人员均有很大增长，基本上做到了县有一院（医院）、两站(卫生防疫站、妇幼保健站)，区、公社有卫生所，初步形成了遍及城乡的医疗卫生网。