平稳发展时期1989—1991

1989年至1991年，乡镇企业经受了治理整顿和特大洪涝灾害两次严峻考验。1988年秋季开始，国家对整个国民经济进行治理整顿。全省乡镇企业认真贯彻治理整顿的方针，在发展指导思想上实行战略转移，即从注重产值增长为主转向注重提高经济效益为主；从注重外延扩大为主转向以内涵改造、加强管理为主；从粗放经营、原料低水平加工利用转向集约经营、资源综合深度加工利用；从内向型为主转向内外结合。各地根据乡镇企业的实际情况和国家产业政策推出重点确保、限制发展和关停并转的行业、企业和产品序列，主动调整结构。除对现有企业进行调整外，还着重抓了在建项目的清理工作，压缩了投资规模。至1990年上半年全省乡镇集体企业有3900多家实行了关、停、并、转，占集体企业的6%，同时改造了一批企业，引进了一批新技术，开发了一批新产品，使企业布局和产品结构逐步走向合理。
1991年5月中旬以后，全省遭受了历史上罕见的特大洪涝灾害，乡镇企业损失惨重。共造成的直接经济损失14.83亿元，影响产值30多亿元。
大灾发生后，各级党委和政府迅速组织力量，深入灾区、调查了解灾情，组织乡镇企业积极投入抗灾救灾。乡镇企业系统广大干部职工，奋起抗洪护厂，重点是“五个确保”，即保人身安全，保机械设备，保产品、半成品，保原辅材料。抓“三个稳定”，即稳定群众思想，稳定职工队伍，稳定企业生产，加强组织纪律性，牢固树立战胜大灾的信心和决心。坚持“三自”，自强、自力、自救，避免了经济大起大落。灾情刚刚缓解的7月中旬，省政府就下发了“关于切实抓好乡镇企业生产自救工作的通知”。8月中旬、9月上旬省政府两次召开了全省乡镇企业抗灾救灾全面复产经验交流会，重点研究讨论了复产发展的措施。党中央、国务院领导和各部委领导纷纷考察指导工作，帮助解决具体困难。中国人民银行总行、农业银行总行、人民银行安徽分行和农业银行安徽分行，财政、税务等部门对救灾复产全力支持，到年底全省乡镇企业新增投入10亿元，乡镇企业在灾后迅速恢复发展。
乡镇企业在治理整顿和抗灾救灾时期，广泛开展了“企业管理年”活动，加强了企业基础管理；在乡村集体企业中，开展了企业升级、产品创优的活动，提高了企业素质，企业管理、企业升级、产品创优成效明显。
在这个阶段，也出现了认识波动、思想动摇的问题，片面理解国家治理整顿的方针，有的对发展乡镇企业产生怀疑；政策用得不活，投入不足；发展速度慢。有的地方一度出现负增长。
1989年至1991年，乡镇企业总产值净增128.9亿元，年平均净增40多亿元，年平均递增17.2%。