与生鲜肉制品一样，人们也注意到了病毒在发酵香肠中存活的问题。人们尤其关心的是发酵香肠可能成为人类病原性病毒(如脊髓灰质炎病毒和柯萨奇病毒)的携带者。可是从经济学角度讲，动物病原性病毒具有更重要的意义。这是因为在世界经济一体化的今天，发酵香肠完全可能通过国际贸易将疫区的动物病毒传入未感染区或感染已得到控制的地区，其中人们尤为关心的动物病毒包括口蹄疫、猪热病和猪霍乱病等病毒。
对如何杀灭发酵香肠中可能存在的动物病毒，至今还很少有人研究。一般来讲，病毒或者在发酵过程中被灭活或者在成熟过程中被灭活。有关的研究结果之间差异很大，主要原因可能是使用的病毒菌株不同或者是使用的加工工艺不同。