裸藻门Euglenophyta

无细胞壁能自由游动的单细胞藻类(柄裸藻属Colacium除外)。约有450种，通常喜生于富含有机质的小型、静水体中，多分布于淡水，少数在半咸水，也有的能生于冰雪生境。
本门是一类低级生物，兼有动植物特征。在动物分类中隶属原生动物门、鞭毛虫纲。在藻类分类系统中单独列为一门。仅一裸藻纲(Eug-lenophyceae)。常见的有裸藻属(Euglena)。

裸藻细胞的原生质膜内，为由蛋白质构成的周质体（表质）。有的种类其周质体较薄、柔软、富于弹性，藻体能不断变形；有的种类周质体较厚，甚硬，藻体形状稳定； 部分种类的藻体外表具有色胶质囊壳。藻体前端有一胞口，下接狭长的胞咽和膨大的贮蓄泡，共同组成囊状食道。贮蓄泡周围有1至多个伸缩泡，鞭毛1条，稀2～3条，由胞口处伸出。眼点位于贮蓄泡附近，由含红色类胡萝卜素脂类颗粒体组成，具感光性能。色素体由3层（少数为多层）类囊体组成，呈盘状、片状、星状等，有或无蛋白核。同化产物主要为副淀粉 （裸藻淀粉），兼有油脂。
具色素体的绿色种类进行自养性营养，无色素体种类营腐生或动物性摄食生活； 有的在黑暗处营异养性营养，在阳光下营自养性营养。
常以细胞纵分裂进行繁殖。环境不适宜时，形成休眠孢囊（孢子）。

裸藻门Euglenophyta

又称眼虫藻门。无细胞壁（胶柄藻属除外）、能游动的单细胞真核藻类。细胞质外层特化为表质（周质体）。有的种类的表质柔软，富于弹性，细胞能变形；有的种类的表质较硬，细胞保持稳定形态；部分种类具有色胶质囊壳。细胞前端有由胞口、胞咽和贮蓄泡共同组成的囊状食道。贮蓄泡周围具1至多个伸缩泡。鞭毛1或2条，少3条，经胞口伸出体外。红色眼点位于贮蓄泡附近，具感光性能。色素体所含色素成分与绿藻相似，但有些种类具裸藻红素。同化产物主要为裸藻淀粉，以及少量油类。无色素体的种类营腐生或动物性摄食生活。常以细胞纵分裂进行繁殖，环境不适宜时形成休眠孢囊（孢子）。仅裸藻纲(Euglenophyceae)一纲，约40属，800多种。淡水产为主，少数长于半咸水和盐沼中，个别海产。喜生于富含有机质的小型静水体中，可作为水质污染的指示植物。对温度适应性广，25℃时繁殖最快。大量繁殖时使水呈绿、黄绿色，个别种（血红裸藻）呈红色，生于冰雪中的种类为形成绿雪的生物之一。