蛋白质侧链间形成的构象

蛋白质侧链种类较多，大小不一，形成的构象不如主链的有规则，主要是各种微区。
微区结构有疏水区和亲水区。蛋白质的侧链从带电性质看，可分成两类： 一类是没有极性基团的烷基或苯基，这类基团一般极性很小，与水的亲和力低，叫做疏水基团；一类是带有极性的基团，包括羟基、羧基、酰胺基、氨基、胍基、咪唑基等侧链，这类基团极性比较大，与水的亲和力也大。一条肽链，如只考虑侧链的作用，在它进入水溶液中时，从能量角度考虑，疏水基团就要尽可能地与水疏远，像油滴般聚在一起，藏到分子的内部。而极性基团因与水亲近，自然地暴露在分子表面。前者叫做疏水区。如藏在分子中心部位，称疏水核；处在分子表面，称疏水面。极性基团集中的区域称为亲水区。电离的羧基与质子化的氨基或胍基在相互靠近时因静电吸引，形成盐键，这也是一种侧链间形成的结构。