植物病原细菌分类classification of plant pathogenic bacteria

根据细菌的表形特征、生理生化特性和血清学反应等方面的相似性、相关性和差异，辅以分子生物学的研究方法将类型各异的细菌依照不同分类单元的顺序进行的系统排列。为了简捷地鉴别某种细菌，常依据某一分类系统，按细菌特性归纳和制定成检索表，便于鉴定时使用。植物病原细菌并不独立于细菌之外，其命名原则、分类方法、分类单元和分类系统与细菌一致。
分类单元 依次为界(Kingdom)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)。在两个主要分类单元之间可增加亚门、亚纲、亚目、亚科、亚属等次要的分类单元，种以下可分为亚种、变种、型等，细菌的最基本分类单元是种，各分类学家对种的概念持有不同的见解。根据1984年《伯杰系统细菌学手册》（第一版）的描述，认为种是许多具有共同特征的菌系(strains)组成的群体，通常这些菌系与其它菌系有很大区别。一个菌系是由分离获得的纯培养物单个菌落繁衍的后代组成。每个细菌种都有一个典型菌系(type strain)或称参考菌系，它是种的命名菌系，由它以及和它相似的其它菌系组成种，所以典型菌系在种的分类鉴定上有重要价值。由于细菌种的概念包含人为的主观判断，因此，细菌种在表型的和遗传的特性上存在明显的多样性。目前有人认为根据遗传的相关性来定种更为客观。
在一个细菌种内有些菌系的特征与典型菌系基本相符，但有些表型的或遗传的特性不同，这些不同的特征是稳定的，这些菌系称为亚种。亚种以下常用的分类单元有生物变种(biovar)或生物型(biotype)、血清变种(serovar)或血清型(serotype)、噬菌体变种(phagovar)或噬菌体型(phagotype)，还有在植物病原细菌中常用的致病变种(Pathovar)或致病型(Pathotype)。这些分类单元是指一个细菌种内的一些菌系，具有特殊生理生化、血清学，噬菌体特性或特殊的寄主专化性。
命名 植物病原细菌学名采用属和种双名法，以拉丁文表示。细菌的学名由国际细菌命名法则所规定，法则的最新版本发表了《核准的细菌名录》(Approved Lists of Bacterial Names)，名录包括经国际系统细菌学委员会核准生效的所有细菌的科学名称，从1980年1月1日起使用。植物病原细菌的某些种之间除了致病性外，难以用生理生化特性加以区别，则为同物异名，因此未能列入《核准的细菌名录》。为了保留这些细菌的分类地位，植物病理学家采用致病变种作为这些同物异名的分类单元，于1980年编制了《植物病原细菌致病变种名录》。
分类系统 《伯杰细菌鉴定手册》(Bergey'sManual of Determinative Bacteriology)（以下简称伯杰手册）中的细菌分类体系被微生物学家普遍采用。1923年该书第一版问世，到1974年已出版8版。1984年出版《伯杰系统细菌学手册》(Bergey's Man-ual of Systmatic Bacteriology)，该书共四卷，第一卷主要是革兰氏阴性细菌，第二卷是除放线菌以外的革兰氏阳性细菌，其他两卷分别是古细菌、蓝细菌和其他革兰氏阴性细菌以及放线菌。书中的分类系统将细菌归属原核生物界(Procaryotae)，界以下划分薄壁菌门(Gracilicutes)、厚壁菌门(Firmicutes)、软壁菌门(Tenericutes)和疵壁菌门(Mendosicutes)。薄壁菌门的细菌具革兰氏阴性类型的细胞壁；厚壁菌的具革兰氏阳性类型胞壁的细菌；无胞壁结构的支原体属于软壁菌门；原始的嗜盐细菌和产甲烷细菌列入疵壁菌门。
主要的植物病原细菌归属原核生物界下列的几类中。❶革兰氏阴性好气的杆菌和球菌。包括假单胞菌科的假单胞菌属、黄单胞菌属(Xanthomonas)、木质部菌属和根瘤菌科的土壤杆菌属。
❷兼性厌气的革兰氏阴性杆菌。有肠杆菌科的欧文氏菌属。
❸不规则无孢子革兰氏阳性杆菌。有棒形杆菌属、节杆菌属和短小杆菌属。
❹诺卡氏菌。有红球菌属。
❺放线菌。有链霉菌属。
❻支原体。有菌原体属、螺原体属和类菌原体菌。
植物病原细菌分类 属的分类在20世纪20～30年代很混乱，当时主要采用米古拉(W.Migula)系统及尼曼(K. B. Lehman)和纽曼(R. O. Neuman)系统，史密斯(E. F. Smith)于1905年提出了另一个分类系统。《伯杰细菌鉴定手册》的各次版本对植物病原细菌的属作了不同安排，第一版(1923)伯杰手册，将许多植物病原细菌归属于植物单细胞菌属，后发现该属名与原生动物的一个属名相重，因而舍弃了这个属名。从1948年第六版伯杰手册开始接受并使用假单胞菌属(Pseudomonas)(W. Migula)(1894)、黄单胞菌属(Xanthomonas)W. J. Dowson,1939、土壤杆菌属(Agrobacterium) H. J. Conn,1942、欧文氏菌属(Erwinia)Winslow etal,1920、木质部菌属(Xylella)Well,1987、和棒杆简属(Corynebacterium)。近年来将细胞成分分析和遗传学特性用于研究革兰氏阳性细菌的分类，将植物病原棒杆状细菌从棒杆菌属(Corynebacterium)中移出分别归入短小杆菌属(Curtobacterium)、红球菌属(Rhodococcus)、节杆菌属 (Arthorobacter) 和新属——棒形杆菌属(Clavibacter)。
植物病原细菌属的界限比较明确，意见也较一致，但种的划分有较大分歧，过去，表型性状相似但致病性明显不同的细菌都认为是不同的种。但根据细菌学的观点，不同来源的细菌只有在性状上总体相似方可认为是同一个种。据此，伯杰手册第八版中黄单胞菌属只保留5个种，其余100多个种归入油菜黄单胞菌作为致病变种。同样，假单胞菌属内，40多个氧化酶阴性的植物病原荧光细菌归入丁香假单胞菌。
分类方法 传统分类法主要根据表型特征，如形态、培养和生理生化特性以及血清学反应、噬菌体敏感性、对植物的致病性等。近年来，由于科学技术不断发展，尤其是分子生物学的迅速进展，如采用电子计算机进行数据分类，利用电泳、气相层析等技术测定细胞化学成分，通过测定DNA的G+C的mo1%、DNA同源性、DNA-RNA杂交、16s rRNA寡核苷酸编目等来研究细菌之间的亲缘关系。