由于本病临床表现复杂，病程长，可以长期处于潜伏状态，与很多其他疾病症状相像，具有超级模仿者之称；如影响到内脏及神经系统，其病变更为复杂。因此，诊断必须结合病史，特别是感染史和家族史，临床症状、特征，再参考实验室检查结果进行综合分析，才能作出正确诊断，必要时还需要进行追踪观察、家属调查等辅助方法。
病史中，要仔细查询有无婚外性交、偶然感染及同性恋史。准确的病史回顾对诊断至关重要，要充分分析以往发病情况，曾否有过生殖器部位溃疡、硬下疳、二期或三期梅毒及其他性病的相关症状，婚姻及配偶健康状况，配偶有无梅毒及其他性病史。疑为潜伏梅毒的，还要寻查以往有无梅毒表现以及可以引起梅毒血清生物学假阳性反应的疾病。
体格检查应当全面，感染期较短者应注意检查皮肤、粘膜、外阴、肛门、口腔等处，感染期较长者应注意检查心脏、神经系统、皮肤粘膜等部位。
根据以上病史及体格检查，再结合实验室发现，对梅毒作出准确判断。