这是蒙古哲学及社会思想史研究的主要问题之一。其涉及的方面有：这门学科的研究对象是什么，怎样批判地继承蒙古族古代哲学思想遗产，以及如何用马克思主义的观点、立场和方法科学地探讨蒙古族思想史发展的规律，正确地评价其历史作用和现实意义等。有些论文认为，探索蒙古族理论思维产生和发展的历史及其规律性是主要对象。其中有人主张应以哲学为主线，兼及与其他民族文化交流的规律作为研究对象。至于主线和重点之间的关系等问题，则有待在实践中解决。在蒙哲史编写体例方面，目前仍因袭王朝史的划分法。有的论文提出编写体例应从专题研究入手，如蒙哲史哲学范畴的演变研究、蒙哲史古代辩证法思想的发展研究和蒙古族重要历史文献的专题研究等。有的人则提出编写体例应以世纪为界，如“公元8至12世纪”。也有人主张编写体例应以思潮为主，结合以人物和着作的研究，即从思潮发展的角度，对人物、着作以及零碎不全的哲学思想资料进行大幅度的抽象综合，使蒙哲史呈现出一条完整的链条，力求避免出现各种人物、着作和零散的思想资料面面俱到的大杂烩现象。
研究人员通过几年来的工作，进一步明确了蒙哲史研究是使马克思主义和本民族实际相结合的桥梁，对于提高和锻炼蒙古民族的理论思维能力有着极其重要的意义。其次，又进一步明确了蒙哲史研究也是建设社会主义精神文明的一条重要途径。蒙古民族在历史上有不少珍贵的文化遗产，对于我们今天建设社会主义精神文明具有重要的借鉴作用。