（二）曲折变化阶段1958—1978年

1958年由于“左”的思想影响，当年3月，福建省供销合作社同省商业厅合并，各地、市、县供销合作社也先后同当地商业局合并，绝大部分基层供销合作社都改为商业办事处或营业所。合并后，供销合作社原有一套民主管理制度被废除，社员代表会和理事会、监事会停止活动；各级供销合作社都变为国营商业组织，由集体所有制改变为全民所有制。农村商品流通，按照人民公社“一大二公”的要求，关闭集市贸易，国营商业成为单一流通渠道，给农民生产、生活带来不便。在购销活动上，实施“大找、大购、大销、大办”方针，脱离了客观实际。3年合并期间，全省供销合作社系统资财损失至少8 694万元。
在农村商业受到削弱，国民经济出现困难的情况下，1961年中共中央作出恢复中华全国供销合作总社决定。同年7月，省委决定恢复省供销合作社机构。各地基层供销合作社陆续从当地商业局分出。1962年，按有利商品流通，便利群众，符合经济核算的原则调整基层供销合作社。调整后的机构，采取按经济区域以集镇建社、以区建社和以大公社建社3种形式。全省设置725个基层供销合作社，比1960年减少234个。基层供销合作社的网点，全省设4 092个供销处、1.25万个购销点，还开放931个农村集市贸易。供销合作社恢复后，继续贯彻“发展经济，保障供给”总方针，从服务农业生产出发，千方百计组织农业生产资料和生活资料供应；执行国家对重要农副产品派购政策，帮助社队集体经济为主，组织农村副业生产，开展“小秋收”活动，扩大农副产品收购。全省有482个基层供销合作社设立农民贸易服务部，省、县供销合作社建立贸易货栈，开展自营业务，推动了城乡物资交流，平抑了物价。
1964年开始，供销合作社配合农业部门，承担以种、养、采、加、运为主要内容的农村多种经营任务，由供销合作社拨出扶持生产的各项资金和物资，供应种苗种子，参与技术辅导，扶持社队副业生产，建立以毛竹、土纸、茶叶、水果、烟叶、麻类、植物油料等土特产品为主的一批多种经营生产基地。1965年与1962年比较：烤烟、黄麻、土纸、香菇等11种重要农副产品的收购量都增长1倍以上；化肥、农药的供应量分别增长2.3倍和3.5倍。
在1966年5月开始的10年“文化大革命”中，福建供销合作事业同样蒙受严重影响。1968年与1965年比较，全省供销合作社系统的购、销、利都大幅度下降，其中购销额下降18.4%，利润总额下降26.4%。
1970年，按一个全民所有制、一条流通渠道的体制调整商业机构，组织流通领域大合并。省供销合作社再度并入省革委会商业局，专区、市、县供销合作社并入当地商业部门。1970年春，省革委会向全省推广福州市建新公社把供销合作社、粮店、信贷社、缝纫社、食品部、粪便管理站等6个单位合并成立综合服务部的做法，基层供销合作社再次划给当地人民公社领导和管理。
1975年，周恩来总理在住院期间亲自嘱咐要把供销合作社恢复起来，替农民说话。随着全国供销合作总社的再次恢复，福建省也于1976年1月恢复建立省供销合作社。到1975年底，全省设立农村基层供销合作社859个，比1969年底合并前652个增加207个。
供销合作社在全省恢复后，全部工作纳入农业学大寨、普及大寨县的轨道，加强农村网点建设，发展多种经营，从各方面支援农业生产。到1978年止，全省恢复建立65个县（市）供销合作社和2个郊区供销合作社，乡村代购代销点发展到12350个，基本上实现每个生产大队有一个点； 化肥年供应量首次突破100万吨，有40多个县建立“二土厂”(土化肥厂、土农药厂); 扶持建立农产品生产基地近13.3万公顷。由于“左”的影响没有消除，农村集市贸易没有放开，农村商品流通基本上是供销合作社单条渠道。恢复后的供销合作社仍以“官办”面目出现，民主管理制度受到削弱， 农民集体所有制的性质未能真正体现。