（二）创业起步阶段

新中国成立后，在治理旧社会遗留的农业凋敝、疫病等社会问题的同时，党和人民政府十分重视农业科技工作，积极发展科技事业，加强农业科技机构和队伍建设工作。
1949年8月17日，福建省会——福州解放。9月21日，刚刚成立的福建省人民政府在福州召开在榕的高等院校、研究机构和部分企业的专家、学者座谈会，与会者123人。省人民政府主席张鼎丞、副主席方毅和各厅厅长和福州市副市长许亚到会听取科技工作者对全省资源开发、发展经济等问题的建议，筹划福建科技发展的蓝图， 从此， 全省农业科技开始新的征程。
国民经济恢复时期(1949—1952年)，为解决农业科技人员严重不足的问题，1950年11月19日省政府宣布开始进行全省自然科学工作者登记， 招收旧社会被裁员的农业科技人员归队， 招收知识青年入伍培训等。1952年12月，省政府接管了原福建省农事试验总场， 改组建立了新中国成立后的全省第一个农业科学研究机构——福建省农业试验场， 在福州后屿乡设立基点。随后在全省普遍建立专区、县级示范农场，并成立龙溪果树试验场、福安茶叶试验场、仙游甘蔗试验场，以及省农具试验厂等专业科研机构。1952年农业科技人员增加到115人， 比1949年增加近2倍。
第一个五年计划时期，中央号召大力发展农业，为了适应农业迅速发展对科技的要求，全省改建、新建一批农业科研机构，先后建立了省属农业、林业、水产等研究所和省畜牧兽医总站。组建了龙溪、晋江、南平、福安、龙岩、闽侯等行署农科所，福安茶叶研究所。建立了厦门、平潭、连江、霞浦海水养殖试验场，并在沿海地、县建立14个水产实验所。全省有7个地区和57个县设立林业科学研究所或研究室。长乐、福州、莆田、晋江、同安、仙游、尤溪、龙岩、福安、建阳等地专门建立灌溉试验站。还建立了亚热带作物试验场、福州蚕桑试验站；此外，全省各县和80%的乡镇建立了农科所；成立了省农业气象研究所，在各专区、县设立了90多个农业气象试验台（站）。1956年9月，省政府成立招聘工作委员会， 招聘曾在国内外高等学校毕业或具某种专长和技能的科研人员、翻译人员以及产业部门科技人员。1956年后，由福建农学院和福州、晋江、龙溪、龙岩等专区农校培养的大学和中专毕业生陆续分配到位。
1958年在“全民办科学”的形势下，农业科技人员迅速增加，据1959年6月统计，全省有农业科技人员1364人， 比1949年增加30多倍。
1960年，省农业科学研究所升格为省农业科学研究院(简称省农科院，下同)，下设农艺、土肥、植保等3个系，果树、茶叶、畜牧兽医等3个研究所，生理生化、农业生物、农业经济等3个研究室和蔬菜试验站。1960年3月2日， 中国科学院福建分院成立，下辖12个研究所、6个研究室和2个观测调查站。其中，农业方面及与之相关的研究所（室）有亚热带植物研究所、海洋研究所、生物研究所和农业物理研究室等。分院于1961年撤销，所属的亚热带植物研究所(含微生物研究室、三明真菌站) 收归中国科学院华东分院。
1962年又将厦门植物研究所、亚热带植物试验场并入华东亚热带植物研究所。
1963年，八机部在福州建立水轮泵研究所；同年，福建省水土保持研究所成立。1964年9—12月，省科委先后在龙岩专署小洋农场建立山地利用和红壤改良综合示范基地， 在福清江镜农场建立海滩地改良利用实验站，还在南平建立自动电犁研究室，在龙岩建立龙岩棉花试验站。
高校也相继建立农业科研机构。1956年，福建农学院建立了热带、亚热带果树档案室， 甘蔗研究室。1962年10月， 建立作物育种研究室、生物防治研究室。厦门大学、福建师范学院等也设有一些从事与农业有关的研究单位。
至1965年，福建省已初步建成农业科研体系，形成以省农科院、省林业科学研究所(简称省林科所，下同)、省水产科学研究所(简称省水产所，下同)等省属农业专业科研机构和高校科研机构为核心，与地（市）、县科研机构相配套的多层次农业科研网络。全省农业科技人员5.25万人， 占科技人员总数的70%以上。