（三）“文化大革命”和恢复发展阶段1966—1978年

1966年“文化大革命”开始后，福建水利战线的大批科技干部被批斗、下放，各级水利机构被撤销或拆散，大批仪器、资料散失，全省水利事业濒临困境。1968年，全省农田水利有效灌溉面积几乎降到建国初633.3千公顷的水平。1970年之后，在大搞农田基本建设，建设旱涝保收田的推动下，国家对水利的投资有了增加，水利建设才有了恢复和发展。这阶段，全省兴建1 000万立方米以上中型水库22座。原来水利设施比较差的三明、龙岩、宁德等地区也得到了加强，三明市7座中型水库中的6座和龙岩、宁德地区2/3的中型水库都是在这个阶段兴建的。原来水利基础比较好的闽南沿海地区，又配套建设了一批大库容水库，如诏安亚湖水库(3 508万立方米)、惠安东泗水库(2 563万立方米)、平和东川水库(1605万立方米)、漳浦杨美水库 (5530万立方米)和祖妈林水库(3 508万立方米)等。还兴建了云霄一东山的向东渠、漳州西溪引水工程等大型水利设施，使1972年以后全省农田水利有效灌溉面积恢复和保持在86.7万—93.3万公顷。这期间除了国家有较多的投入外，主要是动员集体、群众投入大量的劳动。
这一阶段， 由于违背了客观规律， 强调“以粮为纲”，到处搞围海、围江造田，填湖造地，改河造地，平山头建人造小平原，如福州在闽江下游围垦，泉州在晋江下游围江造地等，妨碍了行洪，破坏了生态平衡，因此虽然取得了不少成绩， 但资金与劳力的浪费也是严重的。

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（三）“文化大革命”和恢复发展阶段1966—1978年

“文化大革命”10年动乱，给福建林业带来严重破坏。各级林业机构受冲击，陷入瘫痪半瘫痪状态，林政管理削弱，林权处理停顿，搞乱了山林所有权，因而全省再次出现了滥砍乱伐的严重局势。其特点是：范围广、时间长、损失大。全省被毁山林近6万公顷，损失林木80万立方米， 有70个国有林场的2800公顷森林遭抢砍一光， 沿海防护林带和片林近7000公顷被毁， 一些地方风沙卷土重来， 群众重遭灾害之苦。
10年动乱期间， 由于“以营林为基础”方针深入贯彻，广大林业干部和科技工作者敢于排除干扰，为恢复和发展林业努力工作，全省造林、育林仍然取得较好成绩。这期间，全省人工造林219.4万公顷，飞播造林62.4万公顷；有190个生产单位开展林木良种繁育试验，林木良种基地扩大到3500多公顷，其中新建种子园1100公顷； 24个重点林业县规划580片用材林基地，开始按规划建设；沿海和水土流失严重区域，重新营造防护林带和水源涵养林。1970年后，森工机构逐渐恢复， 主要林区的森工企业划归福建生产建设兵团管理，木材生产开始回升，木材采集运推广油锯、剥皮机、架空索道、出河机、平板车等，提高机械作业水平。采脂、炼香等新工艺研试取得新技术、新经验，并得到推广应用。