（一）鱼类资源
1.土著鱼类。云南共有鱼类421种，其中土著鱼类就目前所知共有382种，种的分布有极强的地域性。滇西北的山溪、湖泊的主要鱼类是青藏高原区的类群——鲤科的裂腹鱼亚科和鳅科的条锹亚科，它们适应高原地区低水温和阳光强辐射的自然条件，其生物学特点是生长缓慢，性成熟较迟，是组成高寒地区鱼类资源的主体。滇南及南部边缘地区，多宽谷盆地，气候炎热，分布着具有热带、亚热带特色的鲇类和鲃亚科的繁多种类，它们通常个体大、生长快、繁殖力强、水体生产力高，鱼类资源比滇西北丰富。滇中多湖泊，是鲤属和白鱼属集中分布区，种类少、物种分化突出，特有种多，湖中多数种类个体小、生长慢、天然水体生产力低。滇东及东南部石灰岩地层分布区的溶洞和地河里有分布狭窄、地域性极强、数量稀少的盲鱼，它们生活在离地表上百米的溶洞水域或地河，四周漆黑无光，眼高度退化，失去视觉功能，触须发达、触觉灵敏，系珍稀种，亟待保护和研究。
在云南6大水系的土著鱼类中，南盘江水系鱼的种类最多，为125种；其次是澜沧江124种，金沙江和元江，分别为86种和83种，伊洛瓦底江为52种，怒江最少为43种。各水系鱼类组成都以鲤科为主，其种数往往超过或接近其余各科的总和，仅怒江水系中鲤科鱼类占该水系总种数的37.2%，但仍高于其他各科鱼类。在6大水系中除金沙江和南盘江外，其余均为国际性河流，鱼类组成与下游的缅甸、泰国、老挝、越南、柬埔寨等有较多相似之处，而不同于国内其他水系。云南河流多处于高山深谷之中，具有河道坡度大和季节水位差大的特点，水流湍急故适应急流生态型的种类不少，如平鳍鳅科、鮡科等，它们有的腹鳍左右相连呈吸盘状，有的由皮褶构成吸附器，具有较强的与急流相抗衡的吸附力，通常身体小、体平扁、生长慢、数量小、鱼产力低。
概括起来，云南土著鱼类有以下的特点：
(1)种质资源丰富。已知云南有土著鱼类382种，分隶于138属、27科、9目，占全国淡水鱼类总种数的一半，种类之多，居全国各省区之首，这就为种质资源的利用提供了丰富的物质基础。
(2)特有科、属、种多。在云南的土著鱼类中，有4个特有科，即双孔鱼科、粒鲇科、刀鲇科、南鲈科，占总科数的14.8%;40个特有属，为双孔鱼、、低线𫛳、长嘴𫛳、异鲴、大鳍鱼、罗碧鱼、袋唇鱼、裂峡鲃、方口鲃、短吻鱼、盲鲃、长臀鲃、长背鲃、角鱼、舌唇鱼、野鲮、单吻鱼、盆唇鱼、鲃鲤、云南鳅、新条鳅、细头鳅、马头鳅、鳞头鳅、拟长鳅、平鳅、叉尾鲇、缺鳍鲇、半鲇、刀鲇、𩷶、粒鲇、魾、拟𩹽、异齿𩹽、黑鮡、棕鲈、线足鲈、单孔鲀，占总属数的29%; 240个特有种，占总种数的64.3%。特有种占这么高的比例，显示出云南鱼类区系的特色和其资源的特殊性。
(3)种的分布有极强的地域性。云南虽然有着丰富的鱼类资源，但因地形复杂和环境多样，大多数种类分布区狭窄，只有少数种类共同分布于几个水系。不同的两个水系一般只有10多个共有种。金沙江与怒江、伊洛瓦底江仅有3～4个相同种。南盘江与元江共有种最多，也不过33种。与江河相通的湖泊，鱼的种类组成也独具一格，如一河连通的星云湖与抚仙湖，也因水环境不同，鱼类组成和水体生产力相差甚大。特有种的出现除了不同水系因地理隔离，小水环境的千差万别引起的异域分化外，在同一水域也会因生态隔离引起区域分化而导致鱼类出现分异。洱海的鲤鱼、泸沽湖的裂腹鱼就是如此。此外一些特殊种类分布就更加狭小，例如盲鱼通常只发现在一个溶洞或一段地下河流中，一旦这个赖以生存的环境受到破坏，这种鱼类便可能消亡。因环境的急剧变化，导致濒危种的增加，这也反映了在鱼类资源波动性中云南特有鱼类更显脆弱。
(4)鱼类种群数量小，天然产量低。江河鱼类的特点是“种类多、产量少”，这是由于所处江河源自高寒山区、水温低、滩多流急、生物贫乏，决定鱼类种群数量的基本因素——群体的天然饵料太少，所以鱼的生长缓慢，年龄系列长，性成熟晚，产卵量少，补充群体相对也就少，故难以形成专门的渔业对象。而湖泊鱼类虽然“种类贫乏”，但其特有种的种群常会形成优势，例如抚仙湖的𩾌𩷕白鱼年产曾高达500～600吨，占全湖总产量的80%以上；星云湖的大头鲤曾年产140吨左右，占全湖总产量的90%以上；大理裂腹鱼曾占洱海渔获量的30%左右，以上3种鱼类到1995年，后两种已濒临消亡，𩾌𩷕鱼也下降到年产30吨左右。湖泊鱼多数种类个体小、生长慢，天然水体生产力低。
2.引进鱼类。新中国成立后，随着水产养殖业的开展，从1955年开始从省外引进一些养殖增殖的优良鱼类，至1995年，先后引进的有：草鱼、鲢、鳙、青鱼、鲮、长春鳊、莫桑比克罗非鱼、镜鲤、三角鲂、团头鲂、细鳞斜颌鲴、日本白鲫、兴国红鲤、荷包红鲤、胭脂鱼、虹鳟、太湖新银鱼、池沼公鱼、尼罗罗非鱼、奥丽亚罗非鱼、蟾胡子鲇、革胡子鲇、露斯塔野鲮、银鲫、银鲃、蓝鳃太阳鱼、云斑𫛚、斑点叉尾𫛚、建鲤、淡水白鲳、加州鲈鱼和大银鱼等。由于引种不慎，也带进了一些低值小型鱼类，如鱵鱼、黄䱂、𫛫虎、䱗条、麦穗鱼、红鳍原鲌等。以上引进鱼类经过多年养殖移植，在云南渔业生产上已经形成较大产量和具有较大经济价值的主要有：青、草、鲢、鳙四大家鱼和鲤鱼。这些鱼是中国传统的优良养殖鱼类，自1955年起，云南省开始从广西、湖北空运夏花鱼种和鱼苗，并于1962年起推广家鱼人工繁殖技术。除青鱼因食性限制养殖范围较小外，其余4种已成为全省普遍养殖的优良鱼类。1995年全省养殖鱼类产量为66 594吨，其中草鱼26 111吨，占养殖鱼类总产量的39.21%，鲢、鳙鱼12 980吨，占19.49%，鲤鱼14 656吨，占22.01%，这4种鱼的养殖产量占全省养殖鱼类产量的80.71%。
罗非鱼是热带、亚热带低热河谷地区和电厂温排水养殖的优良鱼类，最早引入云南的莫桑比克罗非鱼，是1959年从越南老街引到云南的河口县养殖，逐步推广到红河州南部、思茅地区和西双版纳州。1979年又从广东、广西引进尼罗罗非鱼，经过几年的推广，已逐步取代了莫桑比克罗非鱼，成为云南南部地区、河谷热区及温流水养鱼的主要养殖对象。1995年全省生产罗非鱼7 865吨，占全省养殖鱼类产量的11.81%。
虹鳟是冷水性养殖品种，1981年由北京引进，在滇西北的丽江县生长良好。1982年丽江地区水产站将平均体重35.5克的虹鳟鱼种1 679尾投放丽江县城北清溪水库，1983年1月检查，库中虹鳟体重一般为500克，个别达1 500克。同年3月，在水库中发现虹鳟鱼苗，7月初鱼苗体重长到6克，体长7.2厘米。说明在清溪水库水源流量0.54立方米/秒，冬季出水口水温10℃，入库河道为100米砂砾浅滩的特定条件下，虹鳟能自然繁殖孵化形成群体。至1995年，全省已有丽江、寻甸、嵩明、官渡等县（区）利用流水和网箱养殖虹鳟，年产成鱼50吨左右。
革胡子鲇，又名埃及胡子鲇，1984年从广东、广西引进，主要移植在红河州南部，后又推广到思茅、西双版纳、保山、德宏等地，现成为云南南部地区的一个高产养殖品种。
太湖新银鱼，原名太湖短吻银鱼，1979年从江苏太湖引进，先移植于滇池，1982年又陆续移植到星云湖，1984、1985年及1989、1990年又两度进行了大规模的移植，至1995年全省移植银鱼的湖泊水库面积达12万公顷，年产3 148吨，创汇1 000多万美元，云南已成为全国银鱼的主产区之一。
此外，引进的鱼类中，团头鲂是一个在池塘、湖泊混养的好品种，鲮鱼在滇南池塘、水库养殖效果甚好。淡水白鲳在西双版纳、德宏、思茅等地州及温流水养鱼池中生长快，有一定比重。池沼公鱼在部分水库已形成产量。
3.土著经济鱼类及稀有种。云南众多土著鱼类中，2/3分布于江河，群体数量少，经济价值不高。但产自湖泊的100多种土著鱼类，产量较高的有30多种。
(1) 华南鲤。地方名称红尾鲤、元江鲤。体侧扁较高，略呈椭圆，头较小，略尖，口下位，上颌较下颌突出，须2对，鳞较大，在腹鳍基部有一较发达的腋鳞。鲜活时尾鳍下叶呈红色，偶鳍呈淡红色，故当地称红尾鲤鱼。华南鲤分布于元江水系，在云南元江县一带，每年12月份开始繁殖，1月份进入繁殖盛期，当地渔民设人工鱼巢在江边采卵，移至池塘中孵化、育苗直至养成商品鱼。50年代后期，元江鲤作为养殖良种向全省推广，70年代长江水产研究所用元江鲤作父本与江西的荷包鲤杂交，培育成荷元鲤，其子代生长优势均高于父母本；继后又以特定的荷包红鲤与元江鲤为亲本，采用家系选育、系间杂交，以及雌核发育等一系列育种措施，获得了遗传性稳定的鲤鱼新品系建鲤。建鲤的经济性状更佳，生长速度明显快于几种杂交鲤鱼及其他鲤，当年可养成商品成鱼，并且具有肉味好、含肉率高、适应性强、抗病力强、饵料转化率高、易起捕等优点，全省已普遍推广养殖。
(2) 杞麓鲤。地方名称黄皮鲤。体延长、侧扁、头后背部隆起不显著，一般在背鳍起点处为最高点。头较长，口端位，上颌较下颌略突出，呈马蹄形，口裂较倾斜，唇较厚，通常有须二对，吻须约为口角径的一半长，有的鱼吻须消失。鲜活背部青灰，腹部微黄，尾鳍边缘带黑色。分布于杞麓湖、星云湖、滇池、洱海等各湖，活动于水域的中下层，杂食性，在湖泊集中于5、6月产卵，个体较大，可达4千克，是产地常见的经济鱼类。
(3) 鲫。云南的鲫鱼有普通型和高背型两个种群。二者在可数性状上无明显区别。但在外部形态及生态习性等方面有一定差异。普通鲫体色金黄或黄黑，体较低，头钝圆。产卵时间主要集中在5月。染色体2n = 100。雌雄比例基本上与省内外其他地方的鲫鱼相似。高背鲫体色银灰，体较高。头较尖，头后背部显著隆起，每年3月中已达产卵高峰期，模式染色体162。至今未发现高背鲫的雄性个体，是一种行孤雌生殖的种群，高背鲫与普通鲫相比，无论是同龄的长度和重量，还是它们在同一年龄所增加的长度和重量，前者都明显优于后者。高背鲫常见者为0.5千克，大者可达1.5千克以上。因其生长速度快，加之行雌核发育，能大量补充群体数量，保证了资源的稳定。自70年代起，滇池高背鲫鱼在滇池中数量猛增，在滇池的经济鱼类中占有很重要的地位。80年代早中期，还被引种到洱海、星云湖、杞麓湖、异龙湖、大屯海、程海等湖泊中，并迅速发展为这些湖泊的支柱鱼源之一，深受各湖区人民的喜爱。同时还被国内8个省区引种。由于滇池生态环境的变迁，滇池高背鲫鱼群体中形成了种群内的分化，在基因和基因表达上表现出多态性。在今后选种育种中应充分利用其生化多态性择优筛选。
(4) 大头鲤。地方名称大头鱼、碌鱼。大头鲤体长而侧扁，腹部圆。头大而宽，一般头长大于体高。口较大，端位，呈弧形，无须。鲜活时，背部青灰带绿色，腹部银白色，背鳍灰黑，其余各鳍均为淡黄色。大头鲤生活在湖泊中水清而深的地方，游泳迅速，为中上层鱼类。以浮游动物为主要食物，产卵期较长，从4月初开始直到9月，较集中于5、6月。个体较大、肉嫩味美，头部含脂量高，为当地鱼类之上品，50年代为星云湖和杞麓湖的优势种群，经济价值高，70年代数量逐渐减少，曾作为增殖良种，移植到玉溪东风水库、晋宁柴河水库、曲靖潇湘水库获得成功。目前江川渔场饲养部分亲鱼，每年繁殖孵化鱼苗放湖增殖。大头鲤仅分布于星云湖与杞麓湖。
(5) 鱇𩷕白鱼。地方名称抗浪鱼。体细圆略侧扁，呈狭长的纺锤形，背部平直，吻尖，口次上位。无须。腹棱自腹鳍基部逐渐隆起向后延伸至肛门，鳞小。生活时体呈银白色，背部较暗，鳍为灰白色，眼上下缘红色。喜水质清新、含氧量较高的水环境，平时栖居开阔的敞水区。食物是以浮游动物中的枝角类、桡足类为主，也食昆虫和鱼卵。产卵期长，主要集中在6～8月。繁殖时，亲鱼群集游向岸边的溪流处产卵，卵粘附砾石或较硬的蕨类植物叶片上。每批亲鱼产卵活动通常持续3天，相隔7天后第二批相继来产，这就是当地渔民所说的“来三去七”的规律。此鱼个体小、肉味鲜美，数量多，是抚仙湖的特产鱼，又是该湖渔业的主要对象，其产量多年始终保持该湖总鱼产量的一半以上，达二三百吨。到1995年，由于生态环境的变迁，产量日趋减少，年产仅有一二十吨。仅分布于抚仙湖。
(6) 云南鲴。地方名称油鱼。体形侧扁，腹部圆，腹棱自腹鳍末端开始延长至肛门。吻短阔，口小，下唇很薄，下颌具发达的角质边缘，口裂平直。无须。鳞小，腹鳍基部有一狭长腋鳞。生活时背部灰黑色，体侧及腹部银白色，背鳍灰色，臀鳍淡红色，尾鳍橘红色。活动于水体中下层，食性杂，除食枝角类、桡足类以外，还食藻类和有机碎屑等。5、6月间在沿岸石砾滩上产卵。云南鲴全长15～20厘米，肉嫩、味鲜，每逢初冬，肠管周围积满脂肪，故名“油鱼”，为滇池的特产鱼类。60年代其产量达到高峰，成为滇池中的主产鱼，70年代由于产卵场被围垦，加上滇池水体富营养化，产量逐渐下降，至今已濒临消亡。云南仅见于滇池。
(7)圆吻鲴。地方名称红翅鱼。体长形而侧扁。腹部较圆。无腹棱，吻钝而突出，口下位，上颌长于下颌，下颌前缘具发达的角质层，口角无须。鳞片小，在腹鳍基部有一发达的狭长腋鳞。生活时背部灰黑色，腹部银白色，背鳍和尾鳍淡黄色，腹鳍、胸鳍和臀鳍呈橘红色。圆吻鲴生活于水体底层，主要以硅藻、丝状藻及有机碎屑为食。云南仅见分布于程海，80年代末90年代初，程海圆吻鲴产量每年约160吨左右，占全湖鱼产量的30%。
(8)银白鱼。地方名称小白鱼。体长而侧扁，头后背部隆起，背部平直。吻端尖，口端位，下颌略突出，其前端的小突起嵌入上颌的凹陷处，口裂斜向上，无须。腹棱自腹鳍基之后延伸至肛门。鳞小，在腹鳍基具一狭长腋鳞，体色银白，体侧更为鲜艳，背部稍暗，腹部较淡，各鳍为灰白色。活动于水体中上层，食性颇杂，1～2龄时以枝角类为主，兼食丝状藻类和小鱼虾。2龄后以小鱼虾为主。产卵盛期为4月。银白鱼系中小型经济鱼类，仅产于滇池，60年代曾与多鳞白鱼一起，占全湖鱼产量的30%，至今已濒临消亡。
(9)云南倒刺。地方名称青鱼。体侧扁，腹部无棱，吻端圆钝。口次下位。须2对，鳞大，在腹鳍基有一发达的腋鳞。背鳍末根不分枝，鳍条粗壮，成为硬刺，后缘具锯齿，前有一倒刺卧伏皮下。背部和体侧青灰色，腹部带乳白色，腹鳍和臀鳍青色。为中上层鱼类，以丝状藻为主食，也食水生植物的茎叶和贝类，在春末夏初产卵于砾石，系沉性卵，是产地大型经济鱼类，最大个体达70千克。由于生态环境变迁，种群正趋衰落。分布于抚仙湖、阳宗海、星云湖。
(10)金线鲃属。吻圆钝，向前突出，吻皮盖于上唇基部，其与前眶骨分界处有一小缺刻，是吻须着生处，须2对，很发达。颊部侧线孔系很发达，自眼缘下方呈线状放射。鳞片很小，侧线完全，侧线鳞比体鳞为大。本属鱼在云南有6种，分布于云南的金沙江水系及南盘江水系，它们是牛栏江的贵州金线鲃、南盘江的小孔金线鲃、罗平、沾益的软鳍金线鲃、阳宗海的阳宗金线鲃、抚仙湖的抚仙金线鲃、滇池的滇池金线鲃。前3种均为偶见种，后3种均为当地常见种，均因肉质细嫩、味道鲜美，历代视为珍品。喜栖息于水质清新的多石块的水域，出没于湖中有地下水流出的洞穴，并产卵于洞穴的石砾上。由于环境剧变，本属鱼在滇池已濒临灭绝，阳宗海及抚仙湖目前还能捕到，资源亟待保护。
(11)大理裂腹鱼。地方名称弓鱼。身体细长、呈侧扁梭形，头小，吻略尖，眼大，口端位。身体背部及侧部被细鳞，胸及前腹面裸露无鳞。腹鳍基部外侧各有明显腋鳞，肛门一臀鳍基两侧各有一列大型臀鳞。全身银白闪亮、背部青色。生活在水体中上层，以浮游动物为主要食物。肉质细嫩、味道鲜美，深为群众喜爱，被誉为大理特产。分布仅见于洱海。历史上占洱海渔获物的30%左右，70年代后，由于捕捞强度过大，洱海水位下降，产卵场遭破坏，此鱼濒于绝迹。
(12)唇鱼，地方名称猪嘴鱼。体稍侧扁，较肥厚，胸部以前平坦，背缘隆起。吻皮高度发达，向下弯包，吻端圆钝，向前突出，口下位，横裂，上下颌边缘为革质，被厚唇完全覆盖。前胸部鳞片显著变小，埋于皮下，往后渐大。体棕褐色，腹部乳白。喜栖于山溪流水岩洞，为江河中下层鱼类，摄食岩石上的附着生物和有机碎屑。每年雨季开始的5月份为繁殖期。肉质肥嫩，味道鲜美，为产区的主要食用鱼，在宜良以下的南盘江中占总渔产量的70%以上。产量现逐步下降。
(13)双孔鱼。地方名称四鳃孔鱼。体细长，前部略呈圆筒形，向后渐侧扁。腹部圆，无棱。眼侧上位，较小，位于头后部。口下位。口特化成漏斗状口吸盘，吸盘内表面具许多排列整齐的乳突。下颌缘具角质。在主鳃孔上角具一入水孔，通入鳃腔。背部灰黑色，腹部白色。喜栖于清水石底河段的激流处，吸附在石块等表面，铲食藻类等。个体不大，为产地偶见种，属于珍稀鱼之一，国内仅见于西双版纳州的勐海、勐腊。双孔鱼的上鳃孔代替口参与呼吸，使口特化成吸盘，借以抗衡急流的冲刷，是生物适应环境的结果，是教学和科研的极好教材，亟待加以保护。
(14)盲鱼。云南发现的有个旧盲条鳅、裸腹盲鲃、无眼金线鲃等。它们各自源于极不相似的祖先，由于适应相似的黑暗环境，产生明显的趋同现象，表现为眼睛的消失，色素的消退以及触觉特别发达，以补偿视觉功能的衰退。这些鱼类极具地方特点，一向为国内外有关学者所关注，可提供广阔的基础研究内容，因分布地域性极强，数量稀少，十分珍稀，亟待保护。