转录水平调控

真核基因转录是以基因为模板依赖于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三类不同的RNA聚合酶进行的。转录过程有起始、延长和终止三个阶段。转录的效率主要反映起始转录时速度限制反应的增减。真核基因转录水平的调控决定了种属、组织和发育阶段的专一性，并在激素调节中起重要作用。
依赖RNA聚合酶Ⅱ所转录的初级产物是核内不均一的RNA (hnRNA)，它是mRNA的前体。它携带着主要来自单拷贝基因的信息，并通过三联体密码子翻译为多肽。真核基因中RNA聚合酶Ⅱ的转录单位包括编码区（外显子）、插入序列（内含子）及5′前导序列的转录起始位点（帽区）和3′转录终止区。它的调控机制如图所示。

RNA聚合酶Ⅱ的转录单位和转录产物

1. 启动基因的调控： 真核基因转录起始点上游30～110bp处是启动基因的位置。它包括上游25～30bp处富含AT的保守序列，即TATA区，在其5′更上游处尚有另一CCAAT的 (CAT区) 保守序列，二者共同构成RNA聚合酶Ⅱ的识别区，并准确确定转录起始位点。从转录起始点帽区开始转录的是RNA的前导序列。来自两种不同组织的α淀粉酶mRNA只在5′端有差别。这是由于两种组织中同一基因的帽区间隔2.8kb（千碱基），表明转录时对帽区的选择是具有组织专一性的。
RNA聚合酶Ⅰ和Ⅲ转录的产物分别是rRNA的前体和小分子的核内RNA。RNA前体经过转录后加工，装配在核糖体中。这二类RNA都不再转译成多肽。它们的基因在每个细胞核内可达数百甚至数千个拷贝。这些基因转录起始位点上游没有TATA区，转录区也没有5′起始的同源序列。现已证明，蟾蜍卵母细胞5S基因的主要调节区位于基因的中段而非其5′上游。当调节蛋白与此区结合时，RNA聚合酶Ⅲ可迅速准确地转录5SRNA。调节蛋白是与聚合酶以稳定复合体形式起作用的。
2. 增强子的调控：远离真核基因起始位点有另一种调节序列——增强子区。它可在转录起始点的5′上游或3″下游起作用。增强子是一种顺式作用元件，其调控作用在于改变DNA拓扑（结构）。其强度可能与DNA自身的甲基化程度、环境中离子的存在、染色体结构蛋白与DNA的结合程度，以及某些对基因位点特异的蛋白质因子（反式作用因子）有关。增强子具有组织专一性。这可能在于它能与细胞内（基因组中）某种特定的成分结合。人类基因组中已发现类似于SV40病毒72bp和人乳多瘤病毒68bp重复序列的结构，但其在体内的转录调控作用较病毒增强子弱。
3. 反式作用因子的调控：反式作用是指某种专一的蛋白质因子对启动基因转录作用的激活。启动区附近的增强子与腺病毒Ela蛋白都通过TATA区对β珠蛋白基因转录进行调控，然而当其启动区中(-87位)的单核苷酸发生变异可导致增强子对转录的激活作用降低10倍，而Ela的激活作用不受影响，表明这是不同于增强子的另Ela的激活作用不受影响， 表明这是不同于增强子的另一种调控机制。此外， 分布于细胞核内的某些原癌基因(C-myc)所表达的蛋白质产物也有对真核细胞hsp70基因起动区的调控作用。增强子在体内作用远高于体外，并具有组织专一性，可能与反式作用因子的参与有关。
4. 终止区的选择： 真核基因3′末端的终止信号不如原核基因明确。大多数情况下是由转录后加工过程控制的。但进化上保守的组蛋白基因3′末端有一个23bp的间断反向重复序列与转录终止有关，称为终止子。终止子的序列在种属间也很保守。其5′旁侧有另一个下游因素可能也参与组成转录的终止信号。由于组蛋白mRNA没有多聚腺苷的3′末端接尾，因此在转录终止机制上也与其他mRNA不同。