肠道微生物intestinal microorganisms

生活在人、畜肠道中的细菌、真菌和原生动物等微生物的总称。其中有常居于肠道的土著菌群及暂栖的过路菌。这些微生物与大生物之间形成微生态系。
分布 肠道内微生物的组成极为复杂，其种类和数量随动物种类、年龄和饲料等的不同而有差异。即使同一动物，肠道的不同部位菌群生态差异亦很大。小肠部位，尤其是上部，由于各种消化液的杀菌作用，微生物种类及数量均很少，仅存少量革兰阳性菌（如乳酸杆菌）和酵母菌等。大肠内，由于消化液的杀菌作用减弱，营养丰富，条件适宜，故存在着大量各种微生物，大约有300多种，主要为细菌。主要菌群为：双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、真杆菌属(Eubacterium)、类杆菌属(Bacteroides)、梭状杆菌属(Fusobacterium)、梭状芽孢杆菌属Clostridium大肠杆菌、肠球菌属(Enterococcus)，以及葡萄球菌、螺旋菌、酵母菌、放线菌、螺旋体等。其中厌气菌占99%以上，兼性厌气和好气菌不到1%。
食草的单胃动物如马，杂食动物如猪等的大肠内，特别是盲肠和结肠前段还寄居着各种分解纤维素微生物，与反刍动物瘤胃内存在的分解纤维素微生物相似，如产琥珀酸拟杆菌(Bacteroides succinogenes)、溶纤维素运动杆菌(Cillobacterium cellulosolvens)和嗜碘性的颤螺菌(Oscillospira guilliermondi)等，但缺少纤毛虫。
与动物的关系 肠道中的正常菌群在肠粘膜表面形成屏障，可阻止病原菌侵入体内，其中很多微生物有拮抗作用，能抑制病原菌的生长。肠道内微生物的活动也是动物消化代谢的重要组成部分。马、猪等动物均能消化利用饲料中的部分粗纤维。这些动物的纤维素分解主要在大肠内进行，特别是盲肠和结肠前段尤为强烈。各类动物在小肠内未完全消化吸收的有机物，如淀粉、糖等，进入大肠后继续被微生物发酵分解，如猪盲肠内分解淀粉的细菌主要为革兰阳性的厌气性丁酸梭菌。淀粉水解后，产生麦芽糖等糖类，进一步为一些肠道微生物，如乳酸杆菌、肠球菌、大肠杆菌等逐级分解，最后形成乳酸、挥发性脂肪酸，以及CO2、CH4 等气体。肠道内形成的有机酸，以及一些肠道细菌合成的维生素B、K等，可被宿主吸收利用。肠道微生物合成的大量菌体蛋白，有些亦可为动物吸收利用。
保持肠道的正常菌群，对维持家畜正常的消化代谢极为重要。如突然改变饲料或饲料成分配置失调，肠道正常菌群便会被破坏，从而导致消化紊乱。糖类过多，会因过度发酵引起肠胀气； 蛋白质过多，在分解脱羧基过程中生成胺类，如腐胺、组胺等有毒物质，刺激粘膜，可引起急性或慢性肠炎，并为一些致病性微生物（如致病大肠杆菌）大量繁殖创造条件，从而引起动物一些疾病（见菌群失调）。