二、指导思想、建设布局和组织管理

(1) 指导思想 根据国家农业综合开发确定的方针，结合新疆农村实际，自治区农业综合开发的指导思想是：增强农业发展后劲，在保证粮食适当增长和牧业相应发展的情况下，以大力发展棉花、甜菜为主要目标； 以改造中低产田、开垦宜农荒地、建设水利工程、推广农业科技成果为主要内容；对水土资源较好，投资少、见效快、效益高的项目优先开发，集中资金，量力而行；要全面规划，统筹安排，因地制宜，综合开发，开发一片，配套一片，见效一片；既讲求经济效益，又讲求社会效益和生态效益。
(2) 开发遵循的基本原则
❶坚持增水与节水相结合，以节水为主；改造中低产田与开荒相结合，以改造中低产田为主的方针，力求以较少的投资，在较短的时期内发挥较高的效益。
❷坚持“水土平衡，以水定地，水利先行”的方针。开发中一定要兼顾上、中、下游农业和工业、城镇生活、生态用水，注意水土平衡，改善生态环境。
❸处理好保护资源与开发利用资源的关系，要根据本地资源条件和经济承受能力，安排开发任务；循序渐进，稳步发展。
❹处理好农牧、农林、林牧关系，多层次、全方位开发各类资源，发挥大农业的整体功能和效益。
❺广辟资金渠道，加强资金管理，提高资金使用效益，建立农业综合开发自我积累、自我发展的机制。
❻对新开垦的土地要视不同情况，采取不同的经营方式。在贫困地区和耕地缺少地区，要优先考虑解决农民耕地不足问题，适当增加农民承包土地份额；在耕地较多的地区要积极倡导适度规模经营，但要避免分配不公的现象。
(3) 开发建设布局 按照国家对农业综合开发的基本要求，结合新疆的实际情况，在开发中坚持合理布局，突出投资重点。根据南北疆不同的自然条件，采取“南棉北糖”的布局，即棉花基地建设主要放在南疆，甜菜基地建设主要放在北疆，草原开发建设则以北疆牧区为主。
在项目的布局上采取集中与分散相结合，提倡大分散，小集中，即各地州、县（市）的开发任务不宜安排过大，承担开发任务的项目区则应相对集中连片。
在投资的安排上，以南疆为重点，将喀什、和田、阿克苏、克孜勒苏4个贫困地（州）作为棉糖基地的重点开发区，与贫困县的扶贫，引进外资开发以及与“以工代赈”项目相结合。1988—1992年5年间，共安排南疆4地州开垦宜农荒地10. 33万公顷，占全区地方开荒任务的57. 83%，改造中低产田13. 6万公顷，占全区地方中低产田改造任务的73. 51%。共拨（借）农业综合开发资金1. 39亿元，约占自治区拨（借）农业综合开发资金 （不含兵团） 的49.1%。
(4) 组织领导和管理形式 为了加强领导，自治区于1988年成立了以自治区主席为组长的农业综合开发领导小组，兵团及各地 （州）、县 （市）也相应成立了领导小组，负责领导和组织协调农业开发工作。各级农业综合开发领导小组都设立了办公室，负责农业开发的具体工作。
在具体的组织管理形式上，主要有以下几种：
❶由乡、镇或国营农场统一组织开发。开荒配套后，由乡镇或国营农场将耕地发包给农户或职工经营，承包户付给发包单位承包费。
❷由乡镇政府组织成立集体企业性质的农业开发公司，专门从事农业开发经营。开发工程实行招标承包，开发后，再将耕地发包给契约户，契约户向农业开发公司交纳承包费。
❸国营农场、农村集体和农户、职工联合开发。国营农场、农村集体按照统一规划修好支、斗渠和道路，然后由农户、职工在指定范围内投资、投劳，修农渠、平地造田，按合同承包生产经营。
❹公司和个人开发。由区内外有关公司和个人以租种开发形式向当地承租若干土地，按合同付给租金，规定承租期限。
❺对中低产田的改造，一般采取改善灌溉、排水治碱与推广农业科技相结合的综合治理办法，在自治区和地州有关科技部门的参与下，由县乡水利、农业等部门统一组织实施。