由于针麻是以针刺某些特定穴位而达到镇痛效果为基础的。因此，正确选配穴位是针麻的重要环节。体针麻醉和耳针麻醉的选配穴原则如下。
1．按神经干选配 即在支配手术区域的神经干附近选配体针穴位，或直接刺激神经干。如牛的补鼻术，选眶下孔穴；腹部手术选椎旁二穴或腰旁三穴。
2．按脊髓节段选配 在与手术部位相同的或邻近的脊髓节段上选配穴位。如胸部手术，选三台配天平穴，腹部手术选天平配百会穴。
3．循经选配 根据手术的切口部位和内脏器官，在相关的经络上选配针感较强、止痛效果较明显的穴位。例如，肠管手术，选前肢阳明大肠经的前三里配督脉的百会穴。
4．耳针麻醉穴位选配 分为基本穴位和配合穴位两部分。基本穴位为神门和交感穴，具有全身性镇静、镇痛作用。配合穴位，取手术的切口部位和内脏器官在耳廓上的相应穴位。如腹部手术配腹、三焦等穴。