实验前的准备工作

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这项技术适合亚属和种间的分类研究，因此如果有大量菌株要进行蛋白分析，就必须先用其他方法将它们归到属，然后才能分析各属内菌株之间全蛋白电泳带的差异。

第二步是选择少数菌株进行实验，找到最佳实验条件。包括破壁方法，离心时间、速度及凝胶浓度，电泳条件等。

最后选择单一样品，定量地研究实验的重复性，如果同一样品在不同次电泳和不同凝胶柱上的蛋白带的平均相似在80%以上，即可开始大量实验，如果多方面条件都能标准化，重复性可达95%。