对违反药品管理法行为的行政处罚，除无《药品经营企业许可证》，在城乡集市贸易市场出售国家规定可出售的中药材以外的药品，或者违反药品广告管理规定的，由工商行政管理部门决定给予行政处罚外，药品管理法规定的其他行政处罚，由县级以上卫生行政部门决定。对中央或者省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的药品生产企业、药品经营企业处以停产、停业整顿7天以上或者吊销《药品生产企业许可证》、《药品经营企业许可证》处罚的，由省、自治区、直辖市卫生行政部门报同级人民政府决定。对其他的药品生产企业、药品经营企业处以停产、停业整顿7天以上或者吊销《药品生产企业许可证》、《药品经营企业许可证》处罚的，由市、县人民政府卫生行政部门报同级人民政府决定。没收的药品，由卫生行政部门监督处理。
当事人对行政处罚决定不服的，可以在接到处罚通知之日起15天内向人民法院起诉。但是，对卫生行政部门作出的药品控制的决定，当事人必须立即执行。对处罚决定不履行、逾期又不起诉的，由作出行政处罚决定的机关申请人民法院强制执行。