甲型流感病毒变异主要是血凝素H和神经氨酸酶N的变异。人流感病毒血凝素有H1、H2、H3三个亚型，神经氨酸酶有N1、N2两个亚型，有时只有一种抗原发生变异，有时两种抗原同时发生变异，例如1946—1957年的甲型流行株为H1N1，1957—1968年的流行株为H2N2。1968年7月我国香港地区发生的一次流感流行是由甲H3N2毒株引起，自1972年以来历次流感流行均由甲型H3N2所致，与以往的流行株相比，抗原特性仅有细微变化，但均属H3N2株。自1976年以来旧株H1N1又起，称为“俄国株”H1N1，在年轻人(尤其是学生)中引起流行。
Webster RG等1993年报道：根据8株甲型流感病毒RNA片段的核苷酸序列种素分析，人类宿主的甲型流感病毒来自鸟类流感病毒基因库。作者对意大利猪群中循环的经典H1N1株、鸟型H1N1株和人类株进行种系分析发现基因重组是在欧洲猪群、鸟类与人类病毒间进行。作者认为欧洲猪可能作为人类与鸟类宿主的流感病毒基因重新组合的混合场所，因此提出下一次世界大流行可能从欧洲开始。