自然界中，人类是单纯疱疹病毒的唯一天然宿主，生殖器疱疹病人，尤其是原发感染及带病毒者为传染源，病毒存在于皮肤和粘膜病灶的分泌物、唾液和生殖道分泌物中。复发性生殖器疱疹的妇女，非复发期间4～14%仍有病毒排出。在从未出现症状的健康带病毒者，成人唾液的病毒排出率为1～5%；妇女生殖道病毒排出率为1～5%；男性生殖道偶尔也有病毒出现。事实上，实际人群病毒的携带率显然高于上述数据，病人恢复期带毒时间一般为15～40天。
生殖器疱疹的传播途径主要为性接触传播。是否能够通过污染的杂物如毛巾、衣服、被单等传播尚有争论。
人类对单纯疱疹病毒容易感染，感染后机体产生免疫力，但可复发。外源性(自身以外)再感染同型病毒的可能性大约在2%以下。