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由可亲合性初生菌丝质配后发育形成的双核菌丝。每个细胞内含有两个遗传性不同的核，它们单独存在，仍为单倍体，核型为(N+N)。次生菌丝可以长期生长而不进入核配阶段，如人工条件下的担子菌菌种传代与保藏；也可以进行核配产生担孢子，如在担子果内。担子菌的次生菌丝是通过锁状联合进行双核并裂完成细胞分裂的。
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