基础理论
蒙医学基础理论，主要研究人体生理、病理、疾病的诊断和治疗原则以及治疗方法等指导临床各科具有蒙医特色的一门学科。
医学理论来源于临床实践，又反过来指导临床实践，并在实践中不断得到充实和发展。蒙医药学之所以在千百年来能够为蒙古族的民族繁衍昌盛和防病治病服务，因为它不仅仅是医疗经验的积累，而且具有从实践中升华出来的一整套学术理论。在漫长的历史发展过程中，接受古代朴素的唯物主义和辩证法思想——阴阳、五元学说的影响，吸收了藏医及印度医学的部分基础理论和汉医学知识，并不断地得到充实和提高，逐步形成了独特的民族医学理论体系。
传统蒙医疗法很早有以寒热来解释疾病本质的理论萌生。如古代北方民族的灸焫（即蒙古灸），就是以热制寒的原理治疗寒症的疗法，又如传统的冷罨法和酸马奶疗法，也是以冷制热的原理治疗热症的疗法。由此把疾病的本质归纳为寒和热两大类。这是建立在人体生命活动，是在寒热平衡状态下进行的基本观点之上的。这就是蒙医学对人体生理及病理的寒热理论的起源。蒙医学在临床实践中，虽然应用阴阳、五行学说和印度的占星五元学说，但更主要的是以三根七素理论为指导，同时强调整体观念。以此解释人体是一个复杂的矛盾统一体，人体内部各脏腑之间，脏腑与体表感觉器官之间，通过黑脉与白脉的运行传导作用，互相联系，构成整体。
14世纪，印度《金光明最盛王经》被译成蒙文，其中之古代印度医著《圣心八部医法秘书》的“Vayu体风素”、“Pit-ta胆汁素”、“Kapha粘液素”致病理论首次传播于蒙古地区，给蒙医理论的萌生以很大的影响。16世纪末叶，藏医学巨著《四部医典》及印度的《寿命吠陀(Ayur-Veda八支心要集》等经典著作以及占星五元学说传入蒙古，为蒙医学基础理论的系统化创造了条件。这样，蒙医学吸收了藏医学及印度医学的以阴阳五元学说为基础的赫依、希拉、巴达干的三根理论和七素理论及临床治疗以及汉医知识，结合本地区的特点和民间疗法，创造性地加以改造和发展。17世纪，蒙医学家们编写了许多医书，如伊希巴拉吉尔在他编著的《甘露四部》里，专章论述“寒症治疗”、“寒热相搏症的治疗”和“寒热互相转化”等，阐明了寒热症的病理理论。并提出“所有疾病可归纳为赫依病、希拉病、巴达干病、血病、黄水病、虫病等六种基本病症（简称六基症）”，奠定了六基症理论，也就是六因辨证学说。18世纪，蒙医学已形成了以寒热理论为主导的独立的理论体系。
蒙医学突出的特点是，以阴阳五元学说哲学思想为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论则把引起疾病的主要原因归纳为赫依、希拉、巴达干、血、黄水、虫等六种。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。
生理包括胚胎形成，三根、七素、脏腑、五官、白脉系统等内容。认为人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程。内而消化循环，外而视听言行，都不是孤立进行的。在三根七素的作用下，人体脏腑之间，脏腑与体表之间的生命活动彼此协调，相互制约，维持人体内外环境的相对平衡。某一部分发生病变，就会影响到其他部分以至整体，引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。因此，在治疗疾病时，不能头痛医头，而应从整体出发来考虑。人和自然界也是对立统一的，人体通过感受器和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化，必然对人体产生影响。在正常情况下，通过人体内部三根的调节，使与自然环境的变化相适应，保持正常的生理功能。
病理则包括病因、疾病的外缘、发病、六基症和寒热症等内容。认为三根之任何一方出现偏盛偏衰，或三根与七素之间的平衡失调，相互为害，或由于某种外缘，人体内外环境的相对平衡状态受破坏，则导致发生疾病。根据这一原理去观察疾病的发生和发展趋势以及各种致病因素的性质、特点和所致病症的临床表现。疾病的过程是正（三根七素）与邪 （外缘）的相互斗争的过程。所以，“扶正”与“祛邪”是使人体战胜疾病，恢复健康的重要措施。诊断是收集病情资料，诊察疾病的手段。包括问、望、切三诊。通过三诊所获得的病情资料是辨证论治的依据，对现症和既往病史等资料加以综合分析，去粗取精，去伪存真，始能全面认识疾病的本质，对疾病的原因、本质、部位作出正确的诊断。此外，对疾病诊断过程中，还必须遵循十项注意事项。对一时难以确诊的特殊疾病，要用试诊的方法进行确诊（参见各该条）。治疗原则，即治病首先强调“治未病”的原则，要注意“求本”，“扶正祛邪”，“调理三根”以及“因人、因时、因地制宜”等几个方面。具体包括主病与三时相结合施治；将疾病的性质归纳为寒、热两型施治；药物、饮食起居、外治、护理要准确地针对疾病。治疗方法则在治疗原则指导下确定的治疗措施。