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土壤中的生物参与对有机体分解而释放出能量的过程。通常用能量的总和表示，如能量单位千焦(kJ)或二氧化碳输出量。此数值反映了土壤生物活动对能量的需要。在测定二氧化碳输出量时，应排除植物根系呼吸所排出的二氧化碳量，避免使土壤代谢作用的测定值偏高。
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