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专性厌氧微生物主要是梭状芽孢杆菌，利用糖酵解产生的丙酮酸，在辅酶A参与下先形成乙酰辅酶A，乙酰辅酶A缩合并还原成丁酸的全过程，在这一过程中，梭状芽孢杆菌的类型不同，具体产物也不同。发酵产物成分的比例还受发酵条件和培养时间的影响。
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