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通过逆转录获得cDNA后，将其克隆于适当的克隆载体上，通过扩增重组质粒而使cDNA得到大量扩增。提取质粒后，用限制酶消化重组质粒，将cDNA片段切割下来，分离纯化，即为cDNA探针。是目前应用最广泛的一种探针。
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