1859年

达尔文著《物种起源》一书出版。该书利用大量的资料，全面系统地论述了生物进化的自然选择学说，从而把进化论建立在牢固的科学事实基础之上，也为生物学奠定了一个牢靠的基础。
贝尔纳发现控制血管的血管运动神经。
1860年前后 韦伯[德]和费希纳[德]通过观察实验，确定感觉强度和刺激强度之间函数关系的基本定律，后称韦伯一费希纳定律。

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1859年

4月，洪秀全族弟洪仁玕抵天京。5月11日，被封为开朝精忠军师顶天扶朝纲干王，总理朝政。
7月，上海出现揭帖谴责英、法侵略者掠卖华工。群众愤怒打死掠卖华工之英人波顿，打伤英领事李泰国，捣毁法教堂门匾。
冬，洪秀全批准颁行洪仁玕提出的建国方案《资政新篇》。

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1859年

卡林顿[英]发现太阳上的耀斑，并注意到耀斑出现的同时会发生地磁扰动、磁暴、极光等现象。
勒威耶发现水星近日点绕太阳运动的速度与牛顿力学的估计每百年差38秒。
基尔霍夫建立分光学上的基尔霍夫定律，奠定天体物理学的基础，并解释了太阳光谱中暗线的形成原因。
麦克斯韦发表《土星的光环》一文，论述土星环由一群离散的小物体组成。

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1859年

李善兰和伟烈亚力合译英国天文学家约翰·赫歇耳的 《天文学纲要》，定名《谈天》刊行。对包括哥白尼学说在内的西方近代天文学知识进行了较为全面的介绍。还把万有引力定律介绍到了中国。

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医学

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1859年

李善兰与伟烈亚力合译成《代数学》13卷，为中国第一部符号代数学读本。合译《代微积拾级》18卷，内容为解析几何、微分和积分，是西方的解析几何及微积分学首次传人中国。
1860年前后 李善兰撰成 《垛积比类》4卷，这是自朱世杰《四元玉鉴》以来讨论高阶等差级数求和的最优秀的著作。

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天文学

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1859年

德莱克[美]主持钻井队在美国宾夕法尼亚钻出世界上第一口油井。
普朗泰发明铅蓄电池。

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1859年

马克思的《政治经济学批判》出版。
车尔尼雪夫斯基发表《资本与劳动》。
英国狄更斯完成长篇小说《双城记》。
匈牙利历史学家霍瓦特的代表作《匈牙利史》(8卷)出版。

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1859年

黎曼发表《在给定大小之下的素数个数》一文，提出有名的黎曼猜想。该猜想后成为希尔伯特于1900年提出的23个问题中的第8个问题，至今仍未被证明。

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物理学

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1859年

基尔霍夫导出热辐射定律，证明黑体辐射的性质只由温度决定，与物体质料无关。奠定了辐射理论的重要基础。
普吕克尔确认放电管中的气体放电时产生的光谱是具有特征的，并发现氢光谱的最重要的三条谱线、气体产生的线状光谱和带状光谱。
本生和基尔霍夫提出每一化学元素都具有其特征谱线，首创光谱分析法，并用以研究太阳的化学成分，得知太阳上有许多地球上常见的元素。

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1859年

法国、撒丁与奥地利的战争爆发。奥军在索尔菲利诺战败，奥法在维拉弗兰卡签订停战协定。随后又签订《苏黎世条约》，撒丁兼并伦巴第。
摩尔达维亚和瓦拉几亚先后举行会议，同选亚历山大·扬·库扎为大公，两公国的合并开始实现。
瑞典政府颁布准许完全宗教自由令。
俄国设立特别委员会，拟定《县经济一行政管理法案》。
美国反蓄奴派约翰·布朗突袭哈普士渡口 (约翰·布朗起义)。翻砂业全国工会建立，是美国第一个全国性工会。
墨西哥政府颁布改革法。
日本开放神奈川、长崎、函馆为商埠。
印度东孟加拉爆发农民起义。

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1859年

霍尔在收缩说的基础上提出地槽学说。
里特尔逝世。其巨著《地球科学与自然和人类历史》未能完稿。

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1859年

10月，洪仁玕任太平天国文衡正总裁，改革考试制度，提倡“文以纪实”。
11月，太平天国颁布《改历诏》，改定历法。

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1859年

3月20日，陈玉成联合捻军在庐州城外击溃清军，擒安徽巡抚李孟群。
6月25日，清大沽守军英勇抗击入侵并突然炮击大沽炮台的英、法军舰，获大胜。
是年，清廷合江南江北清军围困天京。

1859（咸丰九年）

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4月

中俄地方官订立 《黑龙江通商条规》 14条。“通商后两国卖货，俱不征税”。“彼此通商，总须以货换货。”(101,142-143页)

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5月23日

两江总督何桂清任命李泰国划一办理各口海关行政。“何桂清扎饬李泰国司其事，曰总税务司，以明划一办理之意。……凡各口所用外国人，均责李泰国选募。”李泰国便成了 “总税务司”。中英 《通商章程善后条约：海关税则》并无设立总税务司的规定，这个职位是何桂清设置的。(106,925页； 319,49、51页；406,135页)

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6月25日

英法侵略军再次对中国发动侵略战争，蛮横闯入大沽口，开炮轰击炮台。中国炮台实行了猛烈的反击。侵略者遭到惨重失败。(337,168-169页)

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7月1日

英国驻华公使卜鲁斯(F.Bruce) 不顾1858年11月签订的 《通商善后章程条约》 尚未换约的情况，擅自允许上海外商自是日起实行新税则。(311,119页)

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7月12日

两广总督黄宗汉屈服于英人压力，同意英国政府在广州沙面建立租界。(316,23、439页)

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8月1日

户部奏准 “嗣后遵照旧例，仍申旗民交产之禁。凡顺天、直隶各处旗民，无论老圈自置，均不准将地亩典卖与民，违者照例治罪，地亩价银撤追入官。”(110,203页)

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8月14日

黄河北徙，在旧系河身的清江浦以东三里许，淤出平地纵横百余里，广约十里。谕令在此屯田，“以济兵糈。”(104,44册，230页)

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9月16日

“吐鲁番厅地方，棉花出产甚旺”。“近来种植愈多，销路较前倍广”。是日谕令对抽收棉花厘金的情况，“力筹整顿。并著查明历年征收银两确数，酌定税额，妥议章程具奏。倘有盈余，尽数报解，分别奏清奖叙。如征不足数，即责令吐鲁番厅照额赔补。”(104,44册，269页)

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10月24日

由李泰国 “查照上海章程”，以英人费士莱(G.H.Fitz-Roy) 为税务司、英人赫德(R.Hart) 和马迪森(Matheson) 为副税务司的广州海关成立。费士莱到任前，由美国人吉罗福代理。这是根据 《通商章程善后条约： 海关税则》 开办的第二个新关。(106,927页； 319,60-61页； 406,142页)

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11月6日

谕准商人试行开采山东平度州等处金矿。(104,44册，339-340页)

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11月9日

著 “扎拉芬泰饬查伊犁、乌鲁木齐所属有无矿苗发露，堪以招商开采之处。”(104,44册，346-347页)

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11月10日

在英、法侵略军占领下的广州，大英招工公所在两广总督叶铭琛的协助下在广州开始招工。法国和西班牙也先后于1859年12月和1860年年初在英法联军辖区内设立了招工公所。(306,176页)

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12月23日

英、美、法三国领事联名公布《上海外籍引水人管理章程》，全部吊销过去的引水执照，规定上海外籍引水执照由三国领事颁发，引水工作 “只交给缔约列强的欧洲公民”，华籍领水被完全撇开。组织 “上海引水公司”，垄断上海港的引水业务。直到1868年 《各海口引水总章》 中才规定 “华民亦可当引水，但须经 ‘考核局’考核。”(308,243页； 119,85页； 《上海港史话》，83页)

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1859年

钦差大臣僧格林沁在大沽海口，以海河两岸废弃之田，开辟卤水沽营田3 540亩，葛沽营田750亩。他就地召集农民，发给资本认种，结果收获颇丰。1863年，通商大臣、署直隶总督崇厚在津沽开辟水田1 000多亩，清廷给予政策上的优惠。三年后，他又在军粮城、马石开辟稻田5万多亩，并制定开垦章程，大获收益。(395,397页。《清史稿》446卷《崇厚传》记崇厚垦海河北岸在同治五年1866，“开稻田可五百顷” )
是年 驶入黑龙江的外国商船增至13艘(5艘俄船和8艘其他国家的船)。(119,100页)
是年 1845年美国人在宁波创办的美华书馆至此始创电镀华文字模。同年美国传教士在上海创办美华书馆，也创电镀华文字模。(113,113页)

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4月22日

洪仁玕自香港到达天京。半个月后即被封为干王，负 “总理朝纲” 之任。不久，即向天王洪秀全提出了著名的 《资政新编》。“事有常变，理有穷通”。“其要在于因时制宜，审势而行”。关于经济方面，提出： “凡外国人技艺精巧，国法宏深，宜先许其通商，但不得擅入旱地”。主张 “兴器皿技艺”（发展工业），“兴车马之利，兴舟楫之利”，制造火车轮船。实行专利制度，“兴银行”，发行纸币，设立邮局、报馆、医院。对农村土地制度，则全然未涉及。(《太平天国史料》，29-47页，开明书店，1951；王戎生等： 《太平天国运动史》，300页)