盐田主要有害动物有：虾蛄(Squilla)、沙蚕(Nereis)、沙蠋(Arenicola)、盐生蚕豆虫(Fabrea salina Henn)和尖鼻虫(Oxyrrhis)。这些害虫，随着海水带入盐田。栖息在贮水池和低级制卤区繁殖，破坏盐田池板和池埝，造成严重渗漏。原生动物的盐生蚕豆虫和尖鼻虫，吞食微藻(如：盐藻等)，与卤虫争食，影响卤虫的大量繁殖。其防治方法是：
虾蛄用龙舌兰(又名剑麻)和石灰浸出液杀灭或用烂稻草堵塞洞穴，使其窒息致死；把茶子饼捣碎，用2mm孔径的筛子过筛后放入锅内炒至有焦味，再用淡水拌成适当湿度，洒于池中，可杀灭沙蠋；盐生蚕豆虫和尖鼻虫用20°Bé以上的卤水浸泡盐池，放卤时用扫帚扫除池中虫体加以防治；沙蚕用农药速灭威、甲胺磷、倍硫磷和对硫磷等杀灭。但因药物毒性强，在盐田中使用应作试验。严格按照农药使用操作规范，以防药物中毒。