甜椒贮运期病害最重要的是灰霉病，特别是遇冷害后更加严重，以早春或冬季发生最多。
1．症状
果实上病斑水渍状，褐色，不规则形，大小不一。如发生在受冷害的果上，病斑灰白色。病斑上生灰色霉状物，即病原菌的子实体，发展极快，被害果实迅速腐烂。此病在露地栽培的甜椒上很少发生，但保护地栽培可引起幼苗萎凋折倒，特别在潮湿的温室，还会引起叶腐、茎腐、乃至果腐。
2．病原
Botrytis cinerea Pers称灰葡萄孢，属半知菌亚门真菌。有性阶段为Sclerotinia fucreliana(de Bary)Fuckel称富克尔核盘菌，属子囊菌亚门真菌。
3．侵染途径
病菌广泛存在于箩筐内、工具上，甚至贮藏场所的墙上都可存在。田间发生虽少，一旦病果混进健果贮运，发展极快，只要果实有损伤，便迅速侵入，与冷害、冻害的关系特别明显，可整箱整筐的烂掉。
4．发病条件
(1)甜椒在采后贮运输过程中擦伤、压伤、冷害、冻害几乎是灰霉病发生的必要条件。
(2)低温高湿是贮运中引起灰霉病的主要环境条件。一般湿度至少95%以上，所以，高湿下贮运，虽能减少果实蒸发，却会加重此病发生。
(3)田间偏施氮肥，采收的果实容易发生冷害，从而也使本病增多。
5．防治方法
(1)最重要是防治冷害。甜椒受冻害的临界温度通常为5～6℃。
(2)生长期间应用50%速克灵33～50g加水100kg喷雾2次，间隔7～10d，或喷1∶1∶200倍的波尔多液，并可兼防疫病。
(3)采后处理与甜椒贮藏处理相同。