菌核病为球茎茴香主要病害。主要在北方老菜区保护地内发生，南方露地也可发病。一般零星发病，轻度影响球茎茴香产量。严重棚室病株可达40%以上，造成植株坏死腐烂，显着影响球茎茴香生产。
1．病害识别 此病主要为害球茎，重时叶柄也受害。球茎和叶柄染病后，初呈暗绿色至灰褐色水渍状，迅速扩展腐烂，病部转变成黄褐色至暗褐色，其表面长出较浓密的絮状菌丝团，以后转变成黑色鼠粪状菌核。随病害发展，病株外叶萎蔫下垂，很快全株萎蔫死亡。
2．药剂防治 定植前在苗床可喷洒40%新星乳油8000倍液。发病初期，先清除病株、病叶，再选用65%甲霉灵可湿性粉剂600倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂600倍液，或40%菌核净可湿性粉剂1200倍液，或45%特克多悬浮剂800倍液，喷雾。重点喷洒茎基和基部叶片。有条件的地区最好选用粉尘剂防治。