由于流感的临床表现易与其他急性发热并伴有呼吸道炎症的疾病混淆，病原检查是确定诊断的重要依据。主要检查方法有以下几个方面：
(1)病毒分离：将发病3天内患者鼻咽分泌物或口腔含漱液接种于鸡胚分离流感病毒。
(2)蛋白和核酸水平检测：在患者脱落的上皮细胞中查到流感病毒颗粒特异的蛋白成分或特异的核酸，或在采集标本经敏感细胞过夜增殖后查到流感病毒颗粒特异的蛋白或特异的核酸。
(3)流感病毒抗体滴度检测：患者患病初期和恢复期血清中抗流感病毒抗体滴度比急性期高4倍或4倍以上；因耗时较长，对临床诊断帮助不大，但具有流行病学调查意义。