菌核病为小西葫芦的重要病害。主要在老菜区春季保护地内发生，南方菜区露地亦零星发病。一般发病率5%～20%，严重棚室病瓜可达40%左右，显着影响产量。此病还为害数十种其他蔬菜。
1．病害识别 此病主要为害幼瓜及茎蔓，严重时也为害叶片。幼瓜染病，多从开败的残花侵染，初呈水渍状腐烂，后长出较浓密絮状白霉。随病害发展，白霉上散生黑色鼠粪状菌核。茎蔓染病，初呈水渍状腐烂，随后病部变褐，长出白色絮状菌丝和黑色鼠粪状菌核。空气干燥时，病茎坏死干缩，灰白至灰褐色，最后病部以上茎蔓及叶片枯死。叶片染病呈污绿色水渍状腐烂，病部亦长出白色菌丝和较细小的黑色菌核。
2．药剂防治 定植前在苗床可喷洒40%新星乳油8000倍液。发病初期，先清除病株病叶，再选用65%甲霉灵可湿性粉剂600倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂600倍液，或50%利得可湿性粉剂800～1000倍液，或40%菌核净可湿性粉剂1200倍液，或45%特克多悬浮剂800倍液，喷雾。重点喷洒茎基和基部叶片。有条件的地区最好选用粉尘剂防治。