土壤处理即将药剂施于土壤，以解决种传、土传、土栖的有害生物问题，还可以利用药剂的内吸作用，解决作物苗期的病虫害问题。土壤处理可与土壤耕作或播种相结合进行。土壤处理一般用药量较大。具体方法大致分为撒施、条施、株施三种。
撒施即对一定面积土壤均匀施药，可以用粉剂、粒剂撒施，可以用药液喷施，施药后可将载药表土耕翻到耕作层中，也可在载药表土上再覆一层土。
毒土法施药实际上就是一种土壤撒施处理，方法是将药剂与地边或路面细土或其他细土拌合均匀后撒施。用毒土或大粒剂撒施在水田中，或对水田用药液泼浇，同样相当于土壤撒施处理，只不过水田有特殊的生态环境，例如药剂无须在一定面积上撒施均匀，可以靠田水中有效成分的扩散作用而分布均匀。对绿肥作物施药，然后结合施用有机肥的“压绿肥”操作，把药剂翻压到耕作层中，同样相当于土壤撒施处理。
条施包括在种子条播同时，将颗粒剂等剂型的药剂施到播种沟中，然后覆土。此时因药剂直接接触种子，对药剂的要求相当于种子处理，要注意药害问题。在作物生长期行间或行边沟施药剂也属于条施，这可以施干制剂，也可以施药液，一般施后覆土。
株施即针对一株或一丛作物施药，可以在株侧土壤上开洞施药，也可以在植株基部进行土壤浇灌药液。处理营养钵土，相当于株施。