商业承兑汇票的核算要经过收款单位办理托收、付款单位付款和收款单位收款三个阶段。(1)收款单位办理托收：收款单位或被背书人对将要到期的商业承兑汇票，应估算至付款人开户行的往返邮程，填制委托收款凭证提前向银行办理托收。否则收款单位的资金则不能如期划回。(2)付款单位开户行的处理：付款单位开户行收到对方的托收凭证及汇票时，审核无误后，于汇票到期日付款，分录为：借：活期存款，贷；联行存放款项；若付款人存款余额不足支付，则在托收凭证上注明“无款支付”字样盖章后连同汇票退还收款人开户行，并按规定对付款人执行罚款。(3)收款单位开户行的处理：收款单位收到划来的款项时，借记“存放联行款项”科目，贷记“活期存款”科目。若收到“无款支付”字样的单证后，则将托收凭证转交收款单位。