台湾当局根据《农田水利会组织通则》规定，于1958年制定《农田水利会财务处理办法》。该办法于1982年修订。共14条。主要规定：(1)农田水利会现金、票据的出纳、保管及移转事务，应由土地银行代理。(2)水利会各项收入应在财务收支处分别设立总存款户、专户及经费户存储。(3)水利会的一切支出，应经法定预算程序。(4)水利会各项支出，应依核定分配预算规定的法定用途和条件办理，并在经费户内支付。(5)财务收支代理水利会所收的现金及到期票据，均以存款方式处理。(6)水利会征收各项费用，由水利会负责造单及催收，财务收支处负责征收。(7)财务收支处应按水利会各项存款专户，在每月5日前将上月存款余额对账单抄送水利会，水利会可随时对账。(8)水利会各级经办人员违反本办法规定签发支票或违规收支，致水利会受有损害者，应负赔偿之责。(9)水利会财务收支及会计账簿的查核，每年由水利局会同有关单位在业务检查时合并办理。