在乳品工业中使用发酵剂时噬菌体污染是一个很重要的问题，尤其在奶酪制造过程中更是令人头疼。相反，在发酵香肠加工过程中，噬菌体几乎不会给加工工艺和产品质量带来任何影响。虽然有研究表明，发酵香肠的生产环境中存在许多植物乳杆菌的噬菌体，而且当发酵剂中存在植物乳杆菌的同型菌时发酵产酸过程被延迟，但在实际工业生产中几乎很少见到由于发生噬菌体污染给生产造成危害的情况。微生物学家曾在德国和意大利的一些发酵香肠生产厂中分离到能够吞噬肉糖葡萄球菌的噬菌体，但试验表明用被噬菌体污染的发酵剂生产出的产品无论其颜色还是风味和质地都很正常。
从目前我们掌握的资料看，噬菌体在发酵香肠中是很少见的，即使真的存在，对实际生产的影响也很小。这可能是由于香肠在发酵过程中发酵剂细菌的生长速率相对较低，因此减少了噬菌体进攻的机会，加之香肠本身的物理状态也限制了噬菌体的扩张。尽管如此，有人认为在某些干香肠中出现的肠衣下面的退色小斑点这一质量缺陷很可能是肉糖葡萄球菌被噬菌体污染造成的，但直至目前还没有直接的证据证明。