关税是对进出国境或者关境的货物和物品所征收的一种税。对于关税的有关规定，直接影响到一个国家或者地区的对外贸易，并相应地影响该国家或者地区的商业和金融等活动。长期以来，澳门沿用单独的关税体制，所以，《澳门基本法》在肯定澳门是自由港地位的同时，也肯定了其作为一个单独的关税地区，实行与全国其他地区相区别的关税体系和贸易制度，这对于维持澳门的自由港地位和推动澳门的长期稳定和繁荣有着重要的意义。
《澳门基本法》第一百一十二条规定：“澳门特别行政区为单独的关税地区。澳门特别行政区可以‘中国澳门’的名义参加《关税和贸易总协定》、关于国际纺织品贸易安排等有关国际组织和国际贸易协定，包括优惠贸易安排。澳门特别行政区取得的和以前取得仍继续有效的出口配额、关税优惠和其他类似安排，全由澳门特别行政区享有。”《澳门基本法》第一百一十三条规定：“澳门特别行政区根据当时的产地规则，可对产品签发产地来源证。”产地来源证是国际进出口贸易中的一项制度。当某一国家给予另一国家或者地区一定的进口配额后，进口国可以要求出口国或者地区出具该产品的产地来源证，证实该产品确系该出口国或者地区生产并便于计算配额。澳门特别行政区不需要中央人民政府另外授权，就可以自行签发出口产品的产地来源证。