多数传统发酵香肠只采取最简单的包装，如将产品放进纸板箱中，目的是为产品提供运输和贮藏过程中的保护措施。有些类型的产品是放在布袋里或塑料袋中，从而为单个产品提供必要的保护。有时发酵香肠的包装仅仅是为了提供运输中的保护而在零售展示前去除。某些半干香肠需采用真空包装，但真空包装容易导致香肠内部的水分转移到表面，待包装开启后酵母或霉菌会很快生长。
发酵香肠现在常常经切片和预包装后零售。广泛使用的包装方法是真空包装，这对保持香肠的颜色和防止脂肪氧化是有益的。目前也有人采用气调包装，但从微生物稳定性的角度看这是不必要的。香肠的切片操作需在低温下进行，以防止脂肪“成泥”，影响产品外观，同时低温还减轻了脂肪对包装用塑料薄膜的污染，避免热融封口时出现问题。最后，应注意多数产品在零售展示柜里受到高强度的光照时会出现退色现象。